Programas utilizados



BLAST: Las siglas de BLAST corresponden a "Basic Local Alignment Search Tool". este programa utiliza la heurística con el fin de encontrar alineamientos locales, de esta manera, permite la búsqueda de regiones similares que se encuentren aisladas.

En nuestro caso, hemos utilizamos la variante tBASTn del programa. Esta, permite la comparación de una secuencia de aminoácidos frente a una secuencia nucleotídica.

De manera secundaria, también ha sido utilizado BLASTp que permite la comparación de dos secuencias peptídicas.

BLAST

Exonerate: Exonerate es una herramienta gerenérica para la comparación de pares de secuencias; permite alinear secuencias mediante alineamiento múltiple, usando una programación dinámica exclusiva y mediante la heurística

Exonerate

Expasy translate tools: Aplicación on-line que permite la traducción de fragmentos de DNA o RNA a proteína en todos los marcos de lectura y sentidos.

Expasy translate tools

SECISearch: Aplicación on-line para la búsqueda de elementos SECISs en secuencias de DNA inferiores a 100.000 nucleótidos.

SECISearch

tRNAscan-SE: Programa diseņado para localizar genes de tRNA en secuencias de ácidos nucléicos usando una combinación de algoritmos que produce una tasa de falsos positivos muy baja a una velocidad de búsqueda muy alta.

tRNAscan-SE