Selenocystein tRNA (tRNAsec)
En aquest cas, la cerca del tRNA de la selenocisteïna, va resultar ser una mica més senzill ja que, de fet, havia estat anteriorment anotat i consta com a tal a la base de dades de PLASMODB. Per assegurar-nos realment que l'anotació estava feta de manera correcta, vam procedir amb un BLASTn, que ens va mostrar un hit amb un E-value de 2e-4.
Aquesta és la seqüència del tRNA.
El programa ARAGORN v 1.1, ens va permetre determinar quina era l’estructura tridimensional de la seqüència trobada; així mateix, ens va permetre saber que el %GC és del 46%.
c
g
a-t
t+g
c-g
g-c
a-t
t.t
g-c tt
a ctcc a
t g !!!! g
g acgatt gagg c
g !!!!!! a tt
tgctaa g-c
t g t-a
a-t g-c
g+t t+g
a-t a-t
t-a g-c
g-c g a
a-t gtc
c a
t a
tca
tRNA-seC(tca)
87 bases, %GC = 46.0
Sequence [3,89]
Primary sequence for tRNA-seC(tca)
1 . 10 . 20 . 30 . 40 . 50
atcgatgagttagcatggttgctaaagatgacttcaaatcatttggtgta
gggtcactgcacagaggttcgattcctccttcggtgc
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a eEFsec.