Tioredoxin reductase (TR)
La Tioredoxin reductasa és un enzim que redueix nucleòtids durant la síntesi de DNA, intervé en el control redox intracel·lular i regula l’expressió gènica.
Per buscar l’homòleg d’aquesta proteïna en P. berghei es va realitzar un tBLASTn amb cada una de les 3 isoformes humanes. En els resultats obtinguts les tres seqüències s’alineaven amb la mateixa regió del genoma. Per tant, vàrem hipotetitzar que possiblement en P. berghei només existeix una isoforma.
Per tal de procedir a la seva anotació, vàrem decidir utilitzar la TR1 degut a que presentava el E-value més baix. No obstant, el resultat amb exonerate donava dos alineaments independents degut a una regió de molt poca homologia. Posteriorment varem realitzar un anàlisi de genewise per veure si ens produïa un anotació més precisa.
Durant l’anàlisi amb genewise es va veure que el contig presentava un frameshift, segurament degut a errors de seqüenciació, que possiblement eren la font de problemes amb exonerate. Per tant, es va afegir un nucleòtid per corregir al salt de marc de lectura. Tot i que l’anotació amb exonerate era millor, seguia sent incompleta.
Per tal de corregir aquest error varem decidir anotar amb la TR2, que encara que donava un E-value més alt, l'anotació amb exonerate era quasi completa, només faltaven alguns aminoàcids a l'extrem N-terminal.
Per aconseguir obtenir aquesta regió vàrem extreure la seqüència genòmica anterior a la proteïna y la vàrem traduir. Per tal de veure si la regió que s’obtenia era realment una seqüència peptídica, es va realitzar un blast contra tots els genomes. El resultat va ser satisfactori ja que es va poder obtenir la Tioredoxin reductasa de P. yoelii yoelii, ja anotada al ncbi, que contenia aquesta regió N-terminal.
Realitzant un exonerate amb aquesta Tioredoxin reductasa vàrem poder obtenir l'anotació completa en P. berghei. Així mateix, instem a realitzar una revisió; de la predicció anotada en el ncbi, la qual li manca aquesta regió N-terminal.
Realitzant l’alineament amb T-Coffee y utilitzant la informació de l’exonerate, podem concloure que es tracta d'un homòleg amb cisteïna.
El següent esquema mostra l'estructura del gen.
Descarregar l'anotació del gen en format GFF.
Descarregar el cDNA del gen.
Descarregar la seqüència de la proteïna.
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a TR.