Selenophosphate synthetase (SPS)
Després de descarregar la seqüència proteica de SPS1 i SPS2 humanes es va realitzar un BLAST contra el nostre genoma. El resultat ens mostra un HSP amb un E-value inferior a 2x10-12. Cal a dir que en aquest cas, tant la SPS1 com la SPS2 humanes s’alineaven amb la mateixa regió del mateix contig. Per tant, podem concloure que només existeix una SPS en P. berghei.
Per realitzar l'anotació es va utilitzar el programa exonerate que desafortunadament completava l’anàlisi sense cap resultat.
Per tant, es va realitzar un BLAST al NCBI amb la regió alineada al primer BLAST. En aquest cas, trobem la SPS de Plasmodium yoelii i la de la nostre espàcie, Plasmodium berghei. Veiem que en P. yoelii la proteïna és més llarga, per tant, podem pensar que en Plasmodium berghei l'anotació és incompleta com succeeix amb la tioredoxin reductasa.
Al realitzar exonerate amb la seqüència de P. yoelii veiem un alineament molt bo però que comença a l'aminoàcid 90 degut a que el contig finalitza. Si ens fixem bé, en la proteïna anotada al NCBI, també comença en aquest aminoàcid segurament a que també s’han trobat amb el mateix problema.
L’alineament amb T-Coffee ens mostra que la SPS de P. berghei és un homòleg amb cisteïna.
Aquí podem veure un esquema del gen de la SPS:
Descarregar l'anotació del gen en format GFF.
Descarregar el cDNA del gen.
Descarregar la seqüència de la proteïna.
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a SPS.