Selenoprotein I (SelI)

En realitzar un tBLASTn amb la seqüència de SelI d'Homo sapiens s'obtenen dos hits amb un E-value interessant. Tot i això, en fer l'anàlisi per exonerate i genewise no obtenim tota la proteïna sencera i, el més important, no s'alinea la Sec.

A continuació es decideix utilitzar l'alineament realitzat amb el tBLASTn o amb el genewise i fer un pBLAST contra tota la base de dades del NCBI. Com a resultat s'obté diverses etanolamina fosfotransferases de diversos plasmòdiums, inclòs el propi P. berghei. Mitjançant un T-Coffee es veu que són molt semblants aquestes proteïnes entre elles.

Finalment es realitza un tBLASTn amb la seqüència de P. berghei veient que els hits tornen a ser en els contigs que s'obtenien al principi, de manera que pensem que segurament la proteïna obtinguda per exonerate i genewise no deu ser una selenoproteïna sinó una etanolamin fosfotransferasa.


Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a SelI.