Selenoprotein 2 (Sel2)
En l'estudi de P. berghei la selenoproteïna Sel2, detectada en diverses espècies del gènere Plasmodium, era d'especial interès.
Per tal de detectar-la, es va partir de la seqüència proteica de Sel2 provinent de Plasmodium falciparum. Després es va realitzar un tblastn contra el nostre genoma utilitzant aquesta seqüència.
A partir del contig amb millor puntuació, es va utilitzar el programa exonerate per tal d'anotar la proteïna.
En aquest cas podem veure que la regió de Sel2 que ens alinea l'exonerate és força limitada. A més, si intentem realitzar el mateix procés amb el GeneWise encara obtenim un resultat més negatiu. Això podria deure's a que la regió que s'alinea, i que correspon a la part inicial de Sel2, es troba al final del nostre contig. Pel que fa a l'inici de la selenoproteïna, creiem que aquesta començaria en la primera metionina que apareix en l'alineament ja que, en realitzar una cerca en l'ExPASy de la regió prèvia, veiem que en la part anterior de la seqüència no hi ha cap metionina i que tobem un Stop:
3'5' Frame 1
Stop F V Y K Met Y
Pel que fa al final de la seqüència alineada, si intentem traduir la regió en 3' del nostre contig obtenim el següent:
3'5' Frame 1
N G E Stop
Seria possible que la resta de la proteïna es trobés en un altre exó que quedés més enllà del nostre contig i que, per tant, no poguessim detectar. Per tal de trobar un possible lloc de splicing en la seqüència del nostre contig vam utilitzar el programa GeneSplicer que permet detectar llocs de splicing en P. falciparum però aquest anàlisi no va donar cap resultat positiu.
El fet de que es tracti del domini d'una altra selenoproteïna resulta improbable ja que, si busquem la seqüència aminoacídica de la proteïna (obtinguda mitjançant Exonerate) fen un pblast contra tota la base de dades del ncbi només obtenim homologia amb la proteïna de Plasmodium falciparum de la que partíem.
Una altra opció seria que la regió que s'ha conservat de la selenoproteïna, que conté el residu selenocisteïna, sigui el que realment determina la funció de la proteïna i que la resta s'hagi perdut degut a una menor pressió selectiva.
De totes maneres, caldria esperar a un ensamblatge del genoma complert de P. berghei ja que és possible que aquest aportés nova informació.
Per acabar, i com és obvi, no ens va ser possible detectar l'element SECIS d'aquesta proteïna ja que ens falta tota la regió downstream d'aquesta.
Aquest esquema mostra l'estructura del gen Sel2:
Descarregar l'anotació del gen en format GFF.
Descarregar el cDNA del gen.
Descarregar la seqüència de la proteïna.
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a Sel2.