Selenoprotein 1 (Sel1)
Sel1 és una selenoproteïna que s'ha descrit en el gènere Plasmodium però no en humans. La seva presència en altres espècies de Plasmodium ja estudiades la convertia en una candidata clara en el nostre estudi de P. berghei.
En aquest cas, es va utilitzar la seqüència proteica de P. falciparum per a realitzar un tBLASTn contra el genoma de P. berghei.
Encara que el valor de E-value i el tant per cent d'identitat no eren molt alts vam procedir amb l'anàlisi amb el contig amb millor score.
A continuació, es va realitzar l'anotació de la proteïna mitjançant el programa exonerate.
Per tal d'anotar Sel1 des del seu inici es va procedir a traduir la seqüència prèvia a l'alineament mitjançant el programa ExPASy. El resultat obtingut va ser:
5'3' Frame 1
-KMNNNGEKN
Així, es va obervar que Sel1 en P. berghei contenia tres residus menys que la selenoproteïna de P. falciparum. Gràcies a aquest procés es va poder anotar la proteïna completa.
Per últim, es va procedir a cercar l'element SECIS d'aquesta selenoproteïna mitjançant el programa SECISearch. Aquí es pot veure l'estructura predita per aquest programa.
Aquest esquema mostra l'estructura del gen Sel1:
Descarregar l'anotació del gen en format GFF.
Descarregar el cDNA del gen.
Descarregar la seqüència de la proteïna.
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a Sel1.