tBLASTn

BLAST es un algoritmo que nos va a permitir comparar tanto secuencias aminoacídicas como nucleotídicas con gran rapidez (aunque no tan buena sensibilidad) y que permite trabajar con las enormes bases de datos de genomas disponibles. Dada una determinada secuencia, este programa permite identificar en otra secuencia un dominio funcional basándonos en la similitud de secuencia y de este modo llegar a inferir su función.

BLAST es un algoritmo heurítmico que busca alineamientos locales, así que permite la búsqueda de regiones de similaridad aisladas.

En el caso del tBLASTn, la variante más usada en este protocolo, se compara una secuencia de aminoácidos “query” (la de selenoproteínas de Homo sapiens, de Plasmodium y de Emiliana) con la secuencia nucleotídica de B. bigemina “subject”.

Dado que en la página de Ensembl no existe nuestro genoma, hemos hecho el BLAST desde el Shell del Unix, con las comandas adecuadas.

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