Es conocido que el selenio es un elemento fundamental para muchos organismos. Varias vías metabólicas de diversos seres vivos utilizan enzimas que contienen selenio como elemento esencial en su composición. Principalmente estas enzimas forman parte de procesos involucrados en la oxidación y la regulación del equilibrio redox.
Dicho elemento se encuentra en los animales mayoritariamente en forma del aminoácido selenocisteína, que se halla codificado por el codón TGA. Por norma general un codón TGA codifica para un stop, sin embargo, si se dan los elementos oportunos, como el elemento SECIS en la región downstream de la secuencia proteica, se puede cambiar su significado e incorporar en la secuencia una Sec en vez de parar la traducción.
Dada la importancia de las selenoproteínas, se espera a priori encontrar este tipo de proteínas en diferentes espcies, y además que las secuencias se encuentren altamente conservadas. Es por ello, que a partir del selenoproteoma humano rastreamos posibles selenoproteínas en el genoma de Babesia bigemina esperando hallar los respectivos ortólogos en Babesia mediante diferentes métodos computacionales.
Pese a que en un principio pensábamos hallar varias homologías de secuencia, algunas de las cuales esperábamos que también fuesen selenoproteínas en nuestro organismo problema, ha resultado que B. bigemina carece de selenoproteínas homólogas a humano.
Preocupadas por la distancia evolutiva entre ambos organismos, decidimos que sería interesante rastrear selenoproteínas a partir de organismos más sencillos y próximos a Bigemina como Plasmodium falciparum y Emiliana huxleii.
Nuestra sorpresa fue que tampoco Babesia disponía de homólogos con selenocisteína para estas proteínas. Únicamente hallamos el caso de una proteína homóloga para la proteína de huxleii que contenía Cys en su secuencia en vez de Sec.
Con tal de confirmar nuestra hipótesis de que según parecía Babesia no contiene selenoproteínas, hicimos la búsqueda de la maquinaria en su genoma. Los resultados confirmaron que no dispone de dicha maquinaria, y por lo tanto corroboran la idea de que no tiene selenoproteínas.
Por último, buscamos posibles elementos SECIS del genoma para encontrar en Babesia selenoproteínas que aún no se hubieran encontrado en otra especie, pero esta búsqueda tampoco dio resultados óptimos. Sólo encontramos una posible selenoproteína que descartamos por la mala calidad del alineamiento.
Así pues, sólo nos queda por comentar que defendemos el hecho de que nuestro organismo problema no tiene selenoproteínas, al menos de la forma como las conocemos actualmente. Lo que no podemos descartar es que quizás Babesia bigemina disponga de sus propias selenoproteinas, caracterizadas por sus propios elementos SECIS y que utilice una maquinaria también exclusiva hasta el momento.
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