En primer lloc, vam utilitzar les 8 glutation peroxidasa d'Homo sapiens per fer un TBLASTN contra tot el genoma de Leishmania major. Vam obtenir hits a dos cromosomes diferents per totes les glutation peroxidasa, concretament a 3 regions del cromosoma 26 i en una regió del cromosoma 36. Hem reflectit aquests resultats en la taula següent:

GPx
cromosoma
nucleòtid inici
nucleòtid final
e-value
GPx1
26
234170
234658
3x10-14
GPx1
26
236511
236984
5x10-14
GPx1
26
238837
239310
1x10-13
GPx1
36
1226783
1227178
1x10-12
GPx2
26
234176
234658
2x10-13
GPx2
26
236508
236984
6x10-13
GPx2
26
238834
239310
1x10-12
GPx2
36
1226783
1227178
3x10-9
GPx3
26
234170
234658
9x10-19
GPx3
26
236508
236984
3x10-18
GPx3
26
238832
239310
3x10-19
GPx3
36
1226792
1227181
5x10-18
GPx4
26
234197
234658
8x10-29
GPx4
26
236523
236984
8x10-29
GPx4
26
238849
239310
1x10-29
GPx4
36
1226774
1227151
4x10-17
GPx5
26
234182
234658
3x10-19
GPx5
26
236508
236984
3x10-19
GPx5
26
238834
239310
7x10-20
GPx5
36
1226741
1227181
8x10-10
GPx6
26
234182
234658
4x10-17
GPx6
26
236508
236984
4x10-17
GPx6
26
238834
239316
5x10-18
GPx6
36
1226792
1227181
3x10-8
GPx7
26
234182
234652
1x10-22
GPx7
26
236508
236978
1x10-22
GPx7
26
238834
239322
3x10-23
GPx7
36
1226729
1227172
8x10-22
GPx8
26
234182
234661
6x10-18
GPx8
26
236508
236987
5x10-18
GPx8
26
238834
239310
9x10-18
GPx8
36
1226729
1227148
3x10-22

D'aquesta taula vam poder extreure que, al genoma de Leishmania hi ha 4 regions que codifiquen per glutatió peroxidasa, 3 al cromosoma 26 i 1 al 36. Per poder predir l'estructura de cada gen i predir també la proteïna de cada regió, ens vam fixar en quina GPx presentava un e-value més baix per cada una de les 4 regions diferents. És a dir:

  • Per la regió ~234000-234700, utilitzarem GPx4 (e-value de 8x10-29).
  • Per la regió ~236500-237000, utilitzarem GPx4 (e-value de 8x10-29).
  • Per la regió ~238800-239400, utilitzarem GPx4 (e-value de 1x10-29).
  • Per la regió ~1226700-1227200, utilitzarem GPx8 (e-value de 3x10-22).

Regió cromosòmica
Nom
Aliniament GeneWise
Intró
Exó
Proteïna predita
T-COFFEE
234253 - 234816
GPx A
Genewise
-
234253 - 234816
Proteïna
TCOFFEE
237927 - 238490
GPx B
Genewise
-
237927 - 238490
Proteïna
TCOFFEE
239610 - 240164
GPx C
Genewise
-
239610 - 240164
Proteïna
TCOFFEE
1226511 - 1228339
GPx D
Genewise
[1226609 - 1227785] [1228275 - 1228308]
[1226511 - 1226608] [1227786 - 1228274] [1228309 - 1228339]
Proteïna
TCOFFEE

La distribució, en general, seria:

Podem observar que cap dels aliniaments anteriors del T-COFFEE ens alinea la Metionina de les seqüències proteiques. A més, tots els aliniaments tenen lloc entre la corresponent U (o una C en el cas de GPx8) de la glutation peroxidasa d'Homo sapiens i la C de Leishmania major. Això ens fa pensar que estem davant d'homòlegs de cisteïna. Per aquesta última raó no van buscar els corresponents SECIS

Respecte als dominis de cada proteïna, el que veiem es que, GPx A, GPx B i GPx C presenten els mateixos dominis [veure figura 1] i GPx D dóna una predicció lleugerament diferent [veure figura 2]. Tot i les petites diferències, és evident que totes presenten clars dominis glutatió peroxidasa