L'eukaryotic elongation factor (eEFSec o eF) no és una selenoproteïna sinó un element de la maquinària de síntesi. Donat que la seva presència és bàsica per tal de poder sintetizar selenoproteïnes, esperaríem que si el genoma de Leishmania major en conté, eF hi fos present.
Per tal de dur a terme aquest tasca, en primer lloc vam obtenir la seqüència de l'eF de SelenoDB. Vam triar humà ja que és la única disponible en aquesta base de dades. Un primer BLAST amb l'eF de Homo sapiens i la base de dades GeneDB ens va donar HPSs amb E-values inferiors a 10-10. Un d'ells en concret (mostrat a la imatge), tenia un E value de 10-80, la qual cosa incitava a sospitar que, efectivament, l'eF és present al genoma de Leishmania.
Executant TBLASTN a la finestra terminal vam obtenir també un bon E-value, i per tant vam procedir a extreure la regió genòmica corresponent deixant un marge d'uns 500 nucleòtids a cada extrem (no cal deixar més ja que en no ser una selenoproteïna és necessari buscar un SECIS).
Amb quest fragment de genoma de Leishmania, on hi és la putativa seqüència de l'eF en aquest organisme, vam utilitzar Genewise per comparar-ho amb la seqüència proteica de l'eF humà i poder predir una traducció proteica i una estructura exònica
Com es pot veure, l'alineament dóna peu a sospitar que efectivament es tracta de la mateixa proteïna. Tot i que no alinea les dues metionines inicials, estan molt properes (a una distància de 4 nucleòtids). Aixó segurament és degut a què es tracta de dues espècies molt llunyanes filogenèticament, i per tant es pot assumir que s'han produït modificacions degudes a canvis evolutius deguts simplement al pas del temps des de que va tenir lloc l'especiació des de l'ancestre inicial, sense efectes rellevants sobre la proteïna.
El gen predit a Leishmania té dos exons, que van de les posicions 1301939 a la 1303284 i de la 1302986 a la 1303284. L'humà, en canvi, en té 7. Es pot assumir també que aquestes diferències són degudes a la distància filogenètica entre les dues espècies
En aquest enllaç es mostren les prediccions pel que fa a seqüència proteica i codificant obtingudes amb Genewise
Comparant la predicció feta per Genewise amb la proteïna coneguda en humà mitjançant T-COFFEE, vam obtenir un alineament que mostraba una alta homologia entre ambdues seqüències.
Per tal d'acabar de confirmar que es tracta de l'ortòleg de l'eF a Leishmania vam introduïr la seqüència proteica predita per Genewise a Interpro , una base de dades de dominis de proteïnes. Una cerca de dominis coneguts a la seqüència obtinguda va aportar els resultats que es mostren a continuació.
Es pot veure com la proteïna predita té dominis característics de factors d'elongació de selenoproteïnes. Tots aquests resultats en conjunt ens porten a confirmar que la seqüència obtinguda mitjançant BLAST i conseqüentment la proteïna predita amb Genewise, corresponen al factor d'elongació eucariota a Leishmania major , el qual es troba al cromosoma 34.