En fer un Blast (TBLASTN) de la seqüència proteica contra el genoma de Leishmania major a GeneDB i es va obtenir un aliniament amb un E-value de 10-9.
Realitzant el mateix aliniament amb TLBASTN vam obtenir un E-value de 2e-6
Tot i que aquests E-values eren inferiors al límit establert com a criteri de selecció, vam acceptar l'aliniament ja que Sel R havia estat definida com a homòleg amb cisteïna a Leishmania per Lobanov et al. Per continuar amb l'estudi d'aquesta proteïna, vam extreure la regió d'interés (1031808-1032098) deixant un marge de 3000 a ambdós extrems per no perdre informació. ni halmóndigas
Amb GeneWise vam aconseguir la predicció de la proteïna i de l'estructura exònica comparant la seqüència proteica extreta anteriorment amb la Sel R d'humà.
Resultat Genewise.
Tot i que aquests E-values eren inferiors al límit establert com a criteri de selecció, vam acceptar l'aliniament ja que Sel R havia estat definida com a homòleg amb cisteïna a Leishmania per Lobanov et al. Per continuar amb l'estudi d'aquesta proteïna, vam extreure la regió d'interés (1031808-1032098) deixant un marge de 3000 a ambdós extrems per no perdre informació. ni halmóndigas
Amb GeneWise vam aconseguir la predicció de la proteïna i de l'estructura exònica comparant la seqüència proteica extreta anteriorment amb la Sel R d'humà.
A continuació vam utilitzar T-COFFEE per comparar la predicció de la proteïna obtinguda amb el GeneWise i la proteína obtinguda de SelenoDB.
Resultatt T-COFFEE
Vam veure que la U d'Homo sapiens es trobava aliniada amb una C (cisteína) de la proteïna predita amb Genewise de manera que tenim evidències per pensar que efectivament és un homòleg.
Vam decidir traduir el tros del genoma que conté l'HSP del TblastN a les 6 pautes de lectura possibles utilitzant el programa fastatranslate en la finestra terminal.
Per utilitzar fastatranslate cal fical primer aquesta ordre al shell:
export PATH=$PATH:/disc8/soft/exonerate-1.4.0-i686/bin
i per fer-lo anar fiquem la següent ordre:
fastatranslate crom28_selu.fasta > crom28_selu.aa6frames.fasta
amb els noms respectius dels nostres arxius.
Es va buscar quina de les 6 traduccions contenia els aminoàcids observats en l'HSP del TblastN fent servir un editor de textos com gedit. La imatge següent mostra la seqüència seleccionada:
A continuació vam fer un alineament global d'aquesta traducció amb la proteïna humana.
Vam veure que encara que allargàssim molt la seqüència (fins a 12500 nucleòtids) no trobàvem que la metionina inicial humana s'aliniès amb la metionina de Leishmania.
Vam agafar a mà tots els trossos de proteïna alineada i els vam guardar en format FASTA La seqüència final obtinguda va ser la següent:
Amb Genewise i T-COFFEE vam obtenir el següent aliniament aquí.
El fet que no poguem trobar l'aliniament de la metionina inicial amb la proteïna humana, això és probablement degut a que es tracta de dues espècies que estan allunyades filogenèticament de manera que hi ha hagut divergència entre aquestes dues proteïnes
Finalment, vam introduir la seqüència predita per Genewise a Interpro, obtenint els resultats que es mostren.
Es veu que la proteïna predita té dominis característics de Sel R (metionina sulfòxid reductasa B) així que, tenint en compta els resultats anteriors, es confirma que es tracta d'un homóleg amb cisteïna present al cromosoma 28.
Per utilitzar fastatranslate cal fical primer aquesta ordre al shell:
export PATH=$PATH:/disc8/soft/exonerate-1.4.0-i686/bin
i per fer-lo anar fiquem la següent ordre:
fastatranslate crom28_selu.fasta > crom28_selu.aa6frames.fasta
amb els noms respectius dels nostres arxius.
Es va buscar quina de les 6 traduccions contenia els aminoàcids observats en l'HSP del TblastN fent servir un editor de textos com gedit. La imatge següent mostra la seqüència seleccionada:
A continuació vam fer un alineament global d'aquesta traducció amb la proteïna humana.
Vam veure que encara que allargàssim molt la seqüència (fins a 12500 nucleòtids) no trobàvem que la metionina inicial humana s'aliniès amb la metionina de Leishmania.
Vam agafar a mà tots els trossos de proteïna alineada i els vam guardar en format FASTA La seqüència final obtinguda va ser la següent:
Amb Genewise i T-COFFEE vam obtenir el següent aliniament aquí.
El fet que no poguem trobar l'aliniament de la metionina inicial amb la proteïna humana, això és probablement degut a que es tracta de dues espècies que estan allunyades filogenèticament de manera que hi ha hagut divergència entre aquestes dues proteïnes
Finalment, vam introduir la seqüència predita per Genewise a Interpro, obtenint els resultats que es mostren.
Es veu que la proteïna predita té dominis característics de Sel R (metionina sulfòxid reductasa B) així que, tenint en compta els resultats anteriors, es confirma que es tracta d'un homóleg amb cisteïna present al cromosoma 28.
i per fer-lo anar fiquem la següent ordre:
fastatranslate crom28_selu.fasta > crom28_selu.aa6frames.fasta
amb els noms respectius dels nostres arxius.
Es va buscar quina de les 6 traduccions contenia els aminoàcids observats en l'HSP del TblastN fent servir un editor de textos com gedit. La imatge següent mostra la seqüència seleccionada:
A continuació vam fer un alineament global d'aquesta traducció amb la proteïna humana.
Vam veure que encara que allargàssim molt la seqüència (fins a 12500 nucleòtids) no trobàvem que la metionina inicial humana s'aliniès amb la metionina de Leishmania.
Vam agafar a mà tots els trossos de proteïna alineada i els vam guardar en format FASTA La seqüència final obtinguda va ser la següent:
Amb Genewise i T-COFFEE vam obtenir el següent aliniament aquí.
El fet que no poguem trobar l'aliniament de la metionina inicial amb la proteïna humana, això és probablement degut a que es tracta de dues espècies que estan allunyades filogenèticament de manera que hi ha hagut divergència entre aquestes dues proteïnes
Finalment, vam introduir la seqüència predita per Genewise a Interpro, obtenint els resultats que es mostren.
Es veu que la proteïna predita té dominis característics de Sel R (metionina sulfòxid reductasa B) així que, tenint en compta els resultats anteriors, es confirma que es tracta d'un homóleg amb cisteïna present al cromosoma 28.
amb els noms respectius dels nostres arxius.
Es va buscar quina de les 6 traduccions contenia els aminoàcids observats en l'HSP del TblastN fent servir un editor de textos com gedit. La imatge següent mostra la seqüència seleccionada:
A continuació vam fer un alineament global d'aquesta traducció amb la proteïna humana.
Vam veure que encara que allargàssim molt la seqüència (fins a 12500 nucleòtids) no trobàvem que la metionina inicial humana s'aliniès amb la metionina de Leishmania.
Vam agafar a mà tots els trossos de proteïna alineada i els vam guardar en format FASTA La seqüència final obtinguda va ser la següent:
Amb Genewise i T-COFFEE vam obtenir el següent aliniament aquí.
El fet que no poguem trobar l'aliniament de la metionina inicial amb la proteïna humana, això és probablement degut a que es tracta de dues espècies que estan allunyades filogenèticament de manera que hi ha hagut divergència entre aquestes dues proteïnes
Finalment, vam introduir la seqüència predita per Genewise a Interpro, obtenint els resultats que es mostren.
Es veu que la proteïna predita té dominis característics de Sel R (metionina sulfòxid reductasa B) així que, tenint en compta els resultats anteriors, es confirma que es tracta d'un homóleg amb cisteïna present al cromosoma 28.
A continuació vam fer un alineament global d'aquesta traducció amb la proteïna humana.
Vam veure que encara que allargàssim molt la seqüència (fins a 12500 nucleòtids) no trobàvem que la metionina inicial humana s'aliniès amb la metionina de Leishmania.
Vam agafar a mà tots els trossos de proteïna alineada i els vam guardar en format FASTA La seqüència final obtinguda va ser la següent:
Amb Genewise i T-COFFEE vam obtenir el següent aliniament aquí.
El fet que no poguem trobar l'aliniament de la metionina inicial amb la proteïna humana, això és probablement degut a que es tracta de dues espècies que estan allunyades filogenèticament de manera que hi ha hagut divergència entre aquestes dues proteïnes
Finalment, vam introduir la seqüència predita per Genewise a Interpro, obtenint els resultats que es mostren.
Es veu que la proteïna predita té dominis característics de Sel R (metionina sulfòxid reductasa B) així que, tenint en compta els resultats anteriors, es confirma que es tracta d'un homóleg amb cisteïna present al cromosoma 28.
Vam veure que encara que allargàssim molt la seqüència (fins a 12500 nucleòtids) no trobàvem que la metionina inicial humana s'aliniès amb la metionina de Leishmania.
Vam agafar a mà tots els trossos de proteïna alineada i els vam guardar en format FASTA La seqüència final obtinguda va ser la següent:
Amb Genewise i T-COFFEE vam obtenir el següent aliniament aquí.
El fet que no poguem trobar l'aliniament de la metionina inicial amb la proteïna humana, això és probablement degut a que es tracta de dues espècies que estan allunyades filogenèticament de manera que hi ha hagut divergència entre aquestes dues proteïnes
Finalment, vam introduir la seqüència predita per Genewise a Interpro, obtenint els resultats que es mostren.
El fet que no poguem trobar l'aliniament de la metionina inicial amb la proteïna humana, això és probablement degut a que es tracta de dues espècies que estan allunyades filogenèticament de manera que hi ha hagut divergència entre aquestes dues proteïnes
Finalment, vam introduir la seqüència predita per Genewise a Interpro, obtenint els resultats que es mostren.
Es veu que la proteïna predita té dominis característics de Sel R (metionina sulfòxid reductasa B) així que, tenint en compta els resultats anteriors, es confirma que es tracta d'un homóleg amb cisteïna present al cromosoma 28.
Es veu que la proteïna predita té dominis característics de Sel R (metionina sulfòxid reductasa B) així que, tenint en compta els resultats anteriors, es confirma que es tracta d'un homóleg amb cisteïna present al cromosoma 28.