El fet de predir exons en seqüències de DNA és un pas previ necessari per posteriorment poder predir-ne els possibles gens.
L'objectiu del programa cercaexons és que donada una seqüència en format FASTA, al córrer el programa, finalment obtinguem un fitxer en format GFF que contingui les prediccions dels possibles exons que pugui tenir la seqüència donada.