A continuación se muestran los alineamientos múltiples realizados mediante el programa CLUSTALW, de las proteínas predichas con SARCORFS con secuencias similares (potencialmente homólogas). Este alineamiento nos ayuda a ver si realmente estas secuencias son homólogas entre ellas. Para realizar el alineamiento múltiple hemos introducido la secuencia de la proteína predicha mediante SARCORFS, junto con los trozos de secuencia de otras proteínas obtenidas gracias a la ejecución de BLASTP, que se alineaban con esta proteína. Esto nos permitirá localizar regiones homólogas, que probablemente sea indicador de que tienen la misma función.
Una vez obtenidos los resultados de la ejecución del CLUSTALW, observaremos los scores obtenidos en los alineamientos entre las diferentes proteínas. Cuanto más elevado sea el score obtenido en el alineamiento de dos proteínas, que además tienen la misma función, más probabilidad de que sean homólogas.