| ABSTRACT | INTRODUCCIÓ | MATERIALS I MÈTODES | RESULTATS | DISCUSSIÓ | CONCLUSIONS | REFERÈNCIES | AGRAÏMENTS | CONTACTA'NS |
L'objectiu d'aquest treball és anotar les selenoproteïnes, els homòlegs de cisteïnes i les proteïnes necessàries per a la producció d'aquestes en el genoma d'Eptesicus fuscus. Com vam presentar a la discussió, segons Mariotti et al. hauríem d'obtenir 25 selenoproteïnes (Sel15, GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, GPx6, DI1, DI2, DI3, SelR, SPS2, SelH, SelI, SelK, SelM, SelN, SelO, SelP, SelS, SelT1a, SelV, SelW, TR1, TR2, TR3), ja que són les anotades en el genoma de Myotis lucifugus i Pteropus vampyrus.
Després dels nostres anàlisis, hem predit les següents 23 selenoproteïnes en el genoma d'Eptesicus fuscus: DI1, DI2, DI3, GPX1, GPX2,GPX3, GPX4, Sel15, SelH, SelI, SelK, SelM, SelN, SelO, SelP, SelR1, SelS, SelT, SelV, SelW1, TR1, TR2 i TR3.
Tal i com s'esperava, GPX6 no s'ha pogut identificar en Eptesicus fuscus ja que tampoc estava anotada a espècies properes de ratpenats. Com s'explica a la bibliografia, es va produir com a duplicació de GPX3, tal i com es veu en el següent T-Coffee (veure arxiu). Segons la literatura, GPx5 també prové d'una duplicació de GPx3.
SPS2b és una selenoproteïna amb un únic exó, apareguda a partir de la pèrdua exònica de SPS2a, la qual era multiexònica. Tot i que el genoma d'Eptesicus fuscus té dues selenocisteïnes igual que en Homo sapiens, no podem corroborar la presència d'aquesta selenoproteïna en el genoma d'Eptesicus fuscus ja que no s'han detectat elements Secis. És per aquest motiu que es necessitarien nous anàlisis per a determinar SPS2 en Eptesicus fuscus.
Pel que fa als homòlegs de cisteïna, esperaríem trobar 7 proteïnes, les quals estan en Myotis lucifugus (GPX5, GPX7, MSRA, SELU1, SELR2, SELR3, SELW2). Tot i que hem trobat aquestes 7, el resultat de GPX5 no és massa informatiu, ja que amb el posterior anàlisi de filogènia hem vist que no hem escollit el hit correcte, motiu pel qual els resultats no són tan evidents com esperaríem. Per verificar realment la presència de GPX5 s'hauria de tornar a realitzar l'anàlisi amb el hit correcte. Tot i això, sí que esperaríem trobar GPX5 en Eptesicus fuscus perquè aquesta es troba anotada en el genoma de Myotis lucifugus segons SelenoDB.
Per altra banda, a partir dels resultats de l'homòleg de cisteïna GPX8 no podem assegurar que aquesta proteïna estigui present en el genoma d'Eptesicus fuscus. Tot i no esperar SelU2 perquè està mal anotada en Myotis, els resultats obtinguts ens mostren una lleugera correspondència del genoma d'Eptesicus fuscus amb SelU2 humana, però es necessitarien més anàlisis per afirmar la presència d'aquesta proteïna en Eptesicus fuscus.
En l'anàlisi de la maquinària esperaríem trobar 6 proteïnes (SBP2, EEFSEC, PSTK, SECP43, SecS i SPS2). Com hem observat a l'anàlisi, hem trobat en el genoma d'Eptesicus fuscus SBP2, EEFSEC, SECP43 i SecS. Pel que fa a PSTK i SPS2 (també considerada selenoproteïna), no hem pogut confirmar la seva existència a l'scaffold analitzat i per tant, serien necessaris nous anàlisis.