Recerca de selenoproteïnes en

Chrysochloris asiatica

• Abstract
• Introducció
  • Selenoproteïnes
  • Selenocisteïna
  • Predicció de Selenoproteïnes
  • Selenoproteïnes en eucariotes
  • Selenoproteïnes en C.asiatica
• Materials i mètodes
  • Querys
  • Genoma
  • Cerca manual
  • Automatització
• Resultats
  • Selenoproteïnes en H.sapiens
  • Maquinària ceŀlular en H.sapiens
  • Selenoproteïnes en E.telfairi
  • Maquinària ceŀlular en E.telfairi
  • Predicció tRNA
• Discussió
• Conclusions
• Altres
  • Referències
  • Agraïments
  • Contacte

Referències

Articles i Seu Web

1. Castellano S, Gladyshev VN, Guigó R and Berry MJ. SelenoDB 2.0: a database of selenoprotein genes, proteins and SECIS elements Nucleic Acids Res, 36, D339-D343 (2008). Disponible a: www.selenodb.org

2. Kryukov, G. V., Castellano, S., Novoselov, S. V., Lobanov, A. V., Zehtab, O., Guigo R, Gladyshev, V. N. Characterization of mammalian selenoproteomes (2003) Science, 300, 1439-1443. Disponible a: http://genome.unl.edu/SECISearch.html

3. Mariotti M, Ridge PG, Zhang Y, Lobanov AV. Pringle TH, Guigo R, Hatfield DL, Gladyshev VN. Composition and Evolution of the Vertebrate and Mammalian Selenoproteomes. PLOS One, 2012 March 30; 7: 1-18.

4. Mariotti M, Guigo R - Selenoprofiles: profile-based scanning of eukaryotic genome sequences for selenoprotein genes.Bioinformatics. 2010 Nov 1;26(21):2656-63. Epub 2010 Sep 21

5. Sergey V. Novoselov, Alexey V. Lobanov, Deame Hua, Marina V. Kasaikina, Dolph L. Hatfield, and Vadim N. Gladyshev. A highly efficient form of the selenocysteine insertion sequence element, PNAS, 2007; 104 (19): 7857-7862.

6. Valentine, S. "Chrysochloris asiatica" [Seu Web]. Animal Diversity Web;2013 [Accés 2 de novembre del 2013]. Disponible a: http://animaldiversity.ummz.umich.edu/accounts/Chrysochloris_asiatica

Bases de dades

1. SelenoDB [web]. Disponible a: www.selenodb.org

2. SECISearch [web]. Disponible a: http://seblastian.crg.es/

3. NCBI [Web]. Disponible a: www.ncbi.nlm.nih.gov

4. Genomic tRNA database [web]. Disponible a: http://gtrnadb.ucsc.edu/

Programes

1. NCBI BLAST. Basic Local Alignment Search Tool [web]. Disponible a: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

2. Exonerate. Disponible a: http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate

3. Genewise. Disponible a: http://www.ebi.ac.uk/Tools/Wise2/index.html

4. T-coffee [web]. Disponible a: http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular

5. SECISearch. Disponible a: http://seblastian.crg.es/

6. tRNAscan-SE 1.21. Disponible a: http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

7. ARAGORN. Disponible a: http://mbio-serv2.mbioekol.lu.se/ARAGORN/