Sel R: Selenoprotein R
Dins de la família de proteïnes metionina sulfòxid reductasa (MSR) trobem tres subfamílies (SelR1, SelR2 i SelR3). A partir d'aquí analitzem individualment cadascuna d'elles:
SelR1: Methionine-R-sufoxide reductase 1
Aquesta proteïna pertany a la família de proteïnes metionina sulfòxid reductasa (MSR) que inclou enzims de reparació que redueixen els residus de metionina oxidats de les proteïnes . El gen que codificada per a aquesta proteïna s'expressa en diversos teixits adults i fetals, i es localitza tan al nucli de la cèl·lula com al citosol.
En aquest cas només hi havia un trànscrit i per tant no hem hagut de realitzar cap t-coffee, aquest trànscrit és una selenoproteïna.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021809 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 343 nucleòtids, exó i un valor de raw score de 435. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins 115. Tenint en compte que la nostra query té 116 aminoàcids, s'ha trobat tota la regió excepte l'últim aminoàcid.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 293 nucleòtids, 1 exó, i un bit score de 184,3. El hit trobat comença al aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 115. Tenint en compte que la nostra query tenia 116 aminoàcids, s'ha trobat tota la regió excepte l'últim aminoàcid.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. En els dos casos es veu que en la posició on la query d'humans té la selenocisteïna en el genoma del talp es troba una arginina. Per tant, la SelR1 del talp no és una selenoproteïna.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap seqüència SECIS.
Per altra banda, a partir d'una SelR anotada com a none en el genoma de tenrec trobem un hit que correspon a aquesta proteïna, i l'alineament amb aquesta query també conté una arginina enlloc d'una selenocisteïna.
SelR2: Methionine-R-sufoxide reductase 2
Proteïna amb funció desconeguda.
En aquest cas només hi havia un trànscrit, homòleg en cisteïna, i per tant no hem hagut de realitzar cap t-coffee inicial.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021854 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 56207 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un valor de raw score de 747. El hit trobat comença al aminoàcid 1 de la query en humans fins el aminoàcid 182. Tenint en compte que la nostra query té 182 aminoàcids, s'ha trobat tota la proteïna sense problemes.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 56206 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un bit score de 282.77 El hit trobat comença al aminoàcid 1 de la query en humans fins el aminoàcid 182. Tenint en compte que la nostra query tenia 182 n aminoàcids, s'ha trobat tota la proteïna sense problemes.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que els resultats són iguals. Amb els dos casos es prediu que la SelR2 en el genoma del talp és un homòleg en cisteïna.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS.
SelR3: Methionine-R-sufoxide reductase 3
El gen que codificada per a aquesta proteïna catalitza la reducció de sulfòxid de metionina a metionina. Aquest enzim actua com a monòmer i requereix zinc com cofactor.
En aquest cas només hi havia un trànscrit, homòleg en cisteïna i per tant no hem hagut de realitzar cap t-coffee.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021958 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna a humans.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 191788 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un valor de raw score de 856. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 185. Tenint en compte que la nostra query té 192 aminoàcids, la regió del final no ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 191787 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un bit score de 329.66. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 187. Tenint en compte que la nostra query tenia 192 aminoàcids, la regió del final no ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és molt similar. En els dos casos la proteïna en el talp segueix sent un homòleg en cisteïna.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap seqüència SECIS.
Per altra banda, en el cas d'utilitzar la query de tenrec trobem la proteïna, igual que a partir del genoma d'humans però, en aquest cas l'alinineament comença per serina.
SelR none de tenrec
Cal destacar el fet que el genoma de tenrec conté moltes SelR (23), la gran majoria sense especificar la subfamília (none). Quan busquem les SelR en el genoma del talp el que ens trobem és que no es poden especificar quin hit correspon a cada SelR de tenrec, però els scaffolds que es troben amb més freqüència i que cobreixen millor la query són els següents: gi|406021749, gi|406021934, gi|406021734 i gi|406021974.