eEFSec1
Eukaryotic elongation factor (eEFSec) codifica per a un translation factor necessari per a la incorporaciò de selenocisteïnes a les proteïnes.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una proteïna de la maquinària, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021849 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 411108 nucleòtids , 7 exons i 6 introns, i un valor de raw score de 2658. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 596. Tenint en compte que la nostra query tenia 596 aminoàcids, hem trobat la totalitat de la proteïna. Cal remarcar que aquesta proteïna es troba altament conservada ja que els resultats mostren una alta identitat entre els aminoàcids.
No hem pogut obtenir resultats òptims de Genewise.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, la qual cosa és esperable en una proteïna que no conté selenocisteïnes.
Utilitzant com a query la proteïna anotada en el genoma del tenrec, obtenim el mateix resultat, i ens confirma el que ja hem dit abans, sembla que eEFSec es troba altament conservada en les diferents espècies estudiades.