TR: Thioredoxin reductase
La tioredoxina reductasa (TR) és un NADPH-dependent FAD containing enzyme que catalitza la reducció del disulfur del centre catalític de la tioredoxina i altres substrats. TR és membre d'una família de pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductases i és un enzim clau en la regulació de l'ambient redox intracel·lular.
Dins de la família de les Thioredoxin reductase trobem tres subfamílies (TR1, TR2 i TR3). A partir d'aquí analitzem individualment cadascuna d'elles:
TR1
Dels diferents transcrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021476 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 1930 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un valor de raw score de 1355 i 511 (aquest últim pertany al primer exó que es troba de forma separada). El hit trobat comença l'aminoàcid 59 de la query en humans fins el 649. Tenint en compte que la nostra query tenia 649 aminoàcids, la regió del principi no ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 1793 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un bit score de 720.06. El hit trobat comença l'aminoàcid 59 de la query en humans fins el 647. Tenint en compte que la nostra query tenia 649 nucleòtids, la regió inicial no ha estat trobada.
El resultats són molt semblants. En els dos casos els exons i introns trobats són els mateixos. Amb l'exonerate es troba la selenocisteïna que està a la query humana però a més es troba una nova selenocisteïna a la posiciò 248. En el cas de genewise, no es troba la selenocisteïna de la query humana (perquè es troba a l'aminoàcid 248) però si es troba la nova selenocisteïna.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A.
Tot això dóna suport a que aquesta selenoproteïna és trobada.
Per altra banda, aquesta proteïna és trobada a partir de la proteïna none 2 (TR(2)).
TR2
Dels diferents transcrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021651 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 70504 nucleòtids, 14 exons i 13 introns, i un valor de raw score de 2150. El hit trobat comença l'aminoàcid 5 de la query en humans fins el 494. Tenint en compte que la nostra query tenia 494 aminoàcids, quasi tota la proteïna ha estat trobada, excepte els primers 4 aminoàcids.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 70498 nucleòtids, 16 exons i 15 introns, i un bit score de 815.38. El hit trobat comença l'aminoàcid 5 de la query en humans fins el 492. Tenint en compte que la nostra query tenia 494 aminoàcids, pràcticament tota la proteïna ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és quasi igual excepte la quantitat d'introns i exons. La selenocisteïna que és l'aminoàcid 493, és trobat amb exonerate però no amb genewise, ja que la predicció d'aquest acaba abans.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A.
Tot això dona suport a que aquesta selenoproteïna és trobada.
A més a més, a partir d'una query de TR anotada com a none al genoma de tenrec, s'ha trobat al scaffold gi|406021831 una duplicació que també conserva la selenocisteïna en el penu´ltim aminoàcid, de la mateixa manera que la query humana de TR2,l'homòleg trobat amb aquesta i la query que hem usat provinent del genoma de tenrec.
Per altra banda, aquesta proteïna és trobada a partir de la proteïna none 4 (TR(4)) de tenrec, però aquesta proteïna de tenrec, al fer un t-coffee, es veu que és un fragment de la proteïna humana, en el qual no es troba la selenocisteïna, per tant aquesta no és trobada en el genoma del talp quan s'utilitza com a query la proteïna de tenrec.
TR3
Dels diferents transcrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïnes, ja que era la més representativa segons \ els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021624 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 41342 nucleòtids, 12 exons i 11 introns, i un valor de raw score de 2133. El hit trobat comença a l'aminoàcid 63 de la query en humans fins el 563. Tenint en compte que la nostra query tenia 698 aminoàcids, la regió del principi i final no ha estat trobada. Com arriba fins a gairebé el principi del scaffold, potser la última part de la proteïna no està a l'scaffold, no la pot trobar.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 41385 nucleòtids, 12 exons i 11 introns, i un bit score de 853.22 El hit trobat comença l'aminoàcid 53 de la query en humans fins el 563. Tenint en compte que la nostra query tenia 698 aminoàcids, la regió del final i principi no ha estat trobada, probablement pel mateix motiu que amb l'exonerate.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és molt semblant. Com que la selenocisteïna al genoma d'humà està a la regió final, aquesta no es troba. Per tant, no podem afirmar que es tracti d'una selenoproteïna.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A.
Per altra banda, al fer l'anàlisi amb tenrec, amb una de les TR anotades com a none s'ha trobat una TR en el genoma del talp, que es troba en el mateix scaffold que la TR3, a 20.000 nucleòtids de distància de la TR3 trobada amb la query humana. Aquesta té una selenocisteïna on a la query de tenrec hi havia una cisteïna. A més aquest hit guarda una gran homologia amb la TR3, de manera que pensem que és una duplicació d'aquesta, homòloga en cisteïna.