SelW: Seleprotein W

Dins de la família de les SELW trobem 2 subfamílies (SelW1, SelW2). A partir d'aquí analitzem individualment cadascuna d'elles:

SelW1:

Proteïna amb funció desconeguda. Aquesta proteïna mostra una gran expressió al múscul esquelètic, cor, i pot estar involucrada en reaccions d'oxidació-reducció.

Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el segon, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.

Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021705 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.

Veiem que el hit es troba a la cadena forward.

Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 239 nucleòtids, 1 exó i 0 introns, i un valor de raw score de 280. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 80. Tenint en compte que la nostra query tenia 87 aminoàcids, 8 aminoàcids no han estat trobats.

Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 171 nucleòtids, 1 exó i 0 introns, i un bit score de 105,39. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 74. Tenint en compte que la nostra query tenia 87 aminoàcids, la part del final no ha estat trobada.

El resultats amb exonerate i genewise són semblants, en cap dels dos programes troba la part final de la proteïna. En els dos casos troba la selenocisteïna, i per tant podem afirmar que és una selenoproteïna.

Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A. Això dóna suport a la idea de que la proteïna predita és una selenoproteïna.

Per altra banda, la proteïna anotada en el genoma del tenrec comença per una alanina i al usar-la de query es troba també la selenocisteïna, reafirmant que el talp té una selenoproteïna.

SelW2

Proteïna amb funció desconeguda.

Dels diferents transcrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer transcrit, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.

Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021984 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.

Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.

Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 928 nucleòtids, 4 exó i 3 introns, i un valor de raw score de 529. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 115. Tenint en compte que la nostra query tenia 115 aminoàcids, tota la proteïna és trobada.

Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 891 nucleòtids, 4 exó i 3 introns, i un bit score de 16,99. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 115. Tenint en compte que la nostra query tenia 115 aminoàcids, tota la proteïna és trobada.

Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és molt similar. En els dos casos trobem que la proteïna en el talp és un homòleg en cisteïna.

Amb el programa SeciSearch no es prediucap element SECIS, la qual cosa dóna suport a la idea de que aquesta proteïna és un homòleg en cisteïna.

Per altra banda, la proteïna anotada en el genoma del tenrec que comença per una glicina i correspon al aminoàcid 22 de la query humana, també és un homòleg en cisteïna. I també obtenim un alineament on queda paŀlès que la proteïna trobada és una homòloga en cisteïna