SelU: Selenoproteines U
Dins de la família de les Selenoproteines U trobem 3 subfamílies (SelU1, SelU2, SelU3) que són homòlogues en cisteïna en humans. A partir d'aquí analitzem individualment cadascuna d'elles.
SelU1:
És una proteïna de funció desconeguda que es troba expressada en os, cervell, fetge i ronyó.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021634 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 8722 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un valor de raw score de 1048. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 229. Tenint en compte que la nostra query tenia 229 aminoàcids, ha trobat tota la proteïna.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 8608 nucleòtids, 5 exons i 4 intró, i un bit score de 426.31. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 229. Tenint en compte que la nostra query tenia 229 aminoàcids,ha trobat tota la proteïna.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. En els dos casos es troba en el genoma del talp la SelU1 homòloga en cisteïna.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, la qual cosa és esperable ja que aquesta proteïna no té cap selenocisteïna.
Per altra banda, a partir de la proteïna SelU1 anotada al genoma de tenrec, també concluim que el talp té aquest homòleg en cisteïna.
SelU2:
És una proteïna de funció desconeguda.
Dels diferents transcrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el segon, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021884 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 26944 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un valor de raw score de 1006. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 226. Tenint en compte que la nostra query tenia 226 aminoàcids, ha estat trobada tota la proteïna.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 26890 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un bit score de 400,32. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 226. Tenint en compte que la nostra query tenia 226 aminoàcids, ha estat trobada tota la proteïna.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. En els dos casos es troba en el genoma del talp la SelU1 homòloga en cisteïna.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, la qual cosa és esperable ja que aquesta proteïna no té cap selenocisteïna.
Per altra banda, a partir de la proteïna SelU2 anotada al genoma de tenrec, també concluim que el talp té aquest homòleg en cisteïna.
SelU3:
És una proteïna de funció desconeguda.
Dels diferents transcrits que trobem en aquesta proteïna, els hem seleccionat tots per fer l'anàlisi, però un cop realitzar aquest s'ha vist que la informació era molt semblant i per tant es mostren els resultats del primer.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021818 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 2749 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un valor de raw score de 833. El hit trobat comença al aminoàcid 17 de la query en humans fins l'aminoàcid 223. Tenint en compte que la nostra query tenia 228 aminoàcids, falta per trobar una regió inicial i 5 aminoàcids al final.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 2701 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un bit score de 315,82. El hit trobat comença l'aminoàcid 17 de la query en humans fins el 223. Tenint en compte que la nostra query tenia 228 aminoàcids, falta per trobar una regió inicial i 5 aminoàcids al final.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. En els dos casos falta per trobar una regi&ocuate; inicial que pot fer pensar que s'ha perdut en el genoma del talp.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, la qual cosa és esperable ja que aquesta proteïna no té cap selenocisteïna.
En el genoma del tenrec no està anotada aquesta proteïna.