SelT: Selenoprotein T
Aquesta proteïna no té funció coneguda.
Es tracta d'una família de selenoproteïnes, sense subfamílies.
En aquest cas ens quedem amb el primer trànscrit de la selenoproteïna de la query humana.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021878 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba en cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 25443 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un valor de raw score de 968. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 195. Tenint en compte que la nostra query tenia 195 aminoàcids, es troba tota la proteïna sencera.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 25383 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un bit score de 379,65. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 195. Tenint en compte que la nostra query tenia 195 aminoàcids, es troba tota la proteïna sencera.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és molt similar, en els dos casos tota la proteïna és trobada. Cal detacar, que amb el t-coffee incial vam trobar un altre hit molt bó a el scaffold gi|406021478, a la cadena forward, això pot ser considerat com una duplicació.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna en el talp.
Per altra banda, usant una SelT anotada com a none en el genoma de tenrec trobem la mateixa SelT que amb la humana, però, en aquest cas la query no conté selenocisteïna sinó que té en el seu lloc una arginina; i a més en el aminoácid 6 de la query humana. El hit que es troba en el talp a partir d'aquest sí té la selenocisteïna. Per tant en el talp sí que la SelT és una selenoproteïna.