SelS: Selenoprotein S

Es sospita que aquesta proteïna pot regular la producció de citoquines tenint, per tant, un paper essencial en el control de la resposa inflamatòria.

Es tracta d'una família de selenoproteïnes a humans, sense subfamílies.

En aquest cas ens quedem amb el primer trànscrit de la selenoproteïna.

Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021807 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta selenoproteïna.

Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.

Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 14778 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un valor de raw score de 772. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 187. Tenint en compte que la nostra query tenia 189 aminoàcids es troba pràcticament la seqüència sencera, però precisament la selenocisteïna és a l'aminoàcid 188, per tant no és trobat.

Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 14724 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un bit score de 288,61. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 187. Tenint en compte que la nostra query tenia 189 aminoàcids, es perden 2 aminoàcids del final. Per una altre part, es troba un altre fragment que comença a l'aminoàcid 173 de la query fins al final. Per tant, en conjunt trobem tota la seqüència de la query, amb la selenocisteïna inclosa. Però en el cas del genoma del talp enlloc de una selenocisteïna trobem un àcid aspàrtic i per tant la proteïna no és una selenoproteïna en el talp.

Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació no és exactament la mateixa. Amb l'exonerate no es troba el penúltim aminoàcid i per tant no es troba la selenocisteïna; en canvi amb el genewise es troba l'aminoàcid corresponent a la selenocisteïna de la query però aquest no es correspon amb una selenocisteïna en el genoma del talp.

Amb el programa SeciSearch es prediu un element SECIS A. Aquests és troba tot i haver perdut la selenocisteïna ja que en un passat aquesta proteïna segurament havia estat una selenoproteïna.

Per altra banda, utilitzant la query del tenrec passa el mateix, es perd la part final.