SelP: Selenoprotein P
Aquesta selenoproteïna és una glicoproteïna extracel·lular, sent usual que contingui múltiples selenocisteïnes per polipèptid. És una proteïna d'unió a heparina que sembla estar associada amb les cèl·lules endotelials, i és creu que funciona com un antioxidant en l'espai extracel·lular. Està implicada en el transport de Seleni a diferents òrgans i teixits.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021525 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 5471 nucleòtids , 4 exons i 3 introns, i un valor de raw score de 893. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el aminoàcid 374. Tenint en compte que la nostra query tenia 381 aminoàcids, hi ha 7 aminoàcids que no han estat trobats.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 5624 nucleòtids, 4 exons i 3 introns, i un bit score de 400.32. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el aminoàcid 270. Tenint en compte que la nostra query tenia 381 aminoàcids, la regió del final no ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és similar. En els dos programes la primera part de la query és trobada mentre que la part final no és trobada, encara que en el cas del exonerate troba més aminoàcids que amb el genewise. Però, cal destacar que amb l'xonerate tota la seqüéncia no es trobada amb un sol fragment, sinó en dos però en el mateix scaffold. És important informar que la query humana té 10 Us, amb l'exonerate es troben 8 d'aquests mentre que amb el genewise se'n troba 1 (sent U en tots els casos en el talp). Per tant és una selenoproteïna.
A més a més, el nombre d'exons i introns predits per els dos mètodes es manté.
Amb el programa SeciSearch es prediuen 2 seqüències SECIS diferents, ambdues de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
Per altra banda, aquesta mateixa selenoproteïna també és trobada usant dues proteïnes none anotades en el genoma de tenrec, una de les quals conté 14 Us que són totes trobades en el talp excepte una, que conté en el seu lloc una arginina. A més aquestes proteïnes no comencen per metionina ja que comencen per aminoàcids que correspondrien al 134 en el primer i al 68 en el segon de la query humana. L'altra none no conté Us i també és trobada en el talp; correspondria a uns altres exons de la selenoproteïna en el talp, on s'ha perdut la selenocisteïna.