SelO: Selenoprotein O

Proteïna de funció desconeguda.

Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna , ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.

Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021613 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.

Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.

Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 5471 nucleòtids, 9 exons i 8 introns, i un valor de raw score de 2455. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el aminoàcid 628. Tenint en compte que la nostra query tenia 669 aminoàcid, falten els últims aminoàcids. Cal dir que entre aquests últims aminoàcids es troba la selenocisteïna que conté aquesta proteïna.

Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 5569 nucleòtids, 9 exons i 8 introns, i un bit score de 1098,18. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 666. Tenint en compte que la nostra query tenia 669 aminoàcids, els últims tres aminoàcids no han estat trobats. Cal dir que entre aquests últims aminoàcids es troba la selenocisteïna que conté aquesta proteïna.

Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és similar. Amb el genewise aconseguim trobar un fragment més gran de l'últim exó, però tot i axí, seguim sense haver trobat la selenocisteïna al genoma del talp. Això podria ser degut a que els programes estan dissenyats per trobar proteïnes, el que implica que segurament tenen un algoritme per trobar codons d'inici i codons d'stop. Donat que la selenocisteïna està codificada per un codó stop, quan exonerate i genewise troben la selenocisteïna, han d'avaluar si continuen buscant la resta de la proteïna o consideren que la proteïna ha acabat. Si queda molta seqüència per buscar, el més probable es que continuïn amb la buscant-la, però si només falten dos o tres aminoàcids pel final, el més normal es que donin la proteïna per acabada, de manera que la selenocisteïna no és trobada.

Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS.

Per aquests motius, no podem afirmar que la proteïna en qüestió del talp sigui selenoproteïna.

En el genoma del tenrec tampoc es troba la selenocisteïna, ja que tampoc es troba el fragment final. A més, la SelO de tenrec anotada a SelenoDB comença per alanina, que correspon al sisè aminoàcid de la proteïna humana.