SelN: Selenoprotein N
No té una funció coneguda.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021944 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 17419 nucleòtids , 12 exons i 11 introns, i un valor de raw score de 2394. El hit trobat comença a aminoàcid 26 de la query en humans fins el l'aminoàcid 590. Tenint en compte que la nostra query tenia 590 aminoàcids, gairebé tota la proteïna ha estat trobada. Però tot i així la qualitat de l'alineament es molt baixa, ja que la gran part de la proteïna trobada no es correspon amb la proteïna humana.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 17419 nucleòtids, 12 exons i 11 introns, i un bit score de 995.24. El hit trobat comença a l'aminoàcid 26 de la query en humans fins l'aminoàcid 590. Tenint en compte que la nostra query tenia 590 aminoàcids, gairebé tota ha estat trobada. En aquest cas l'alineament que proporciona el genewise es molt més acurat que no pas el del exonerate.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. En els dos casos el hit no cobreix tota la query humana (alguns aminoàcids al principi). La quantitat d'exons i introns és la mateixa amb els dos programes. La selenocisteïna és trobada en el talp.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS diferents de grau A. Això dóna suport a que es tracta d'una selenoproteïna.
Al genoma del tenrec en la SelenoDB aquesta proteïna no està anotada.