SelM: Selenoprotein M
Aquesta proteïna s'expressa en diversos teixits, i es localitza al reticle endoplasmàtic.
Dels diferents transcrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021863 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba en direcció reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 2669 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un valor de raw score de 542. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 142. Tenint en compte que la nostra query tenia 145 aminoàcids, gairebé tota la proteïna ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 2591 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un bit score de 169,87. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 142. Tenint en compte que la nostra query tenia 145 aminoàcids, gairebé tota la proteïna ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. En els dos casos el hit trobat cobreix pràcticament tota la query humana (excepte 3 aminoàcids al final). La quantitat d'exons i introns és la mateixa amb els dos programes. La selenocisteïna és l'aminoàcid 48 i per tant la trobem amb exonerate i genewise, i es troba present en el talp.
Amb el programa SeciSearch es prediu un element SECIS de grau A. Això dóna suport a que es tracta d'una selenoproteïna.
Al genoma del tenrec en la SelenoDB aquesta proteïna no apareix.