SelK: Selenoprotein K

Aquesta selenoproteïna està localitzada al reticle endoplasmàtic i és altament expressada en el cor, on pot tenir funció antioxidant.

Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.

Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021945 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.

Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.

Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 6023 nucleòtids, 4 exons i 3 introns, i un valor de raw score de 440. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 94. Tenint en compte que la nostra query tenia 94 aminoàcids, tota la proteína ha estat trobada.

Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 3021 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un bit score de 171,47. El hit trobat comença l'aminoàcid 3 de la query en humans fins el 91. Tenint en compte que la nostra query tenia 94 aminoàcids, ha estat gairebé trobada tota sencera excepte algun aminoàcid al principi i al final.

Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació no és exactament la mateixa. En el cas d'exonerate el hit trobat cobreix la query humana totalment, mentre que el genewise deixa sense cobrir uns pocs aminoàcids al principi i al final. La quantitat d'exons i introns és diferent també, un més en l'exonerate. La selenocisteïna és l'aminoàcid 92 (està també al genoma del talp), per tant amb l'exonerate el trobem mentre que amb genewise no.

Amb el programa SeciSearch es prediu una seqüència SECIS diferents de grau A. Aix&ogave; dóna suport a que es tracti d'una selenoproteïna.

En el cas de tenrec, hi ha anotades 3 SelK sense especificar, de les quals una coincideix amb la SelK humana i una altra es trobada en un altre scaffold (gi|406021989), que és una duplicació homòloga en cisteïna. La tercera de les SelK de tenrec no és trobada al talp.