Sel H
La Sel H és una selenoproteïna que resideix al nucli ceŀlular i pot tenir un rol antioxidant.
Hem seleccionat el primer trànscrit, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021652 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit seleccionat es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 548 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un valor de raw score de 482. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 121. Tenint en compte que la nostra query tenia 122 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada excepte l'últim aminoàcid.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 487 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un bit score de 184,50. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 121. Tenint en compte que la nostra query tenia 122 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada excepte l'últim aminoàcid.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. En els dos casos la selenocisteïna es manté, igual que el número d'exons i introns.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
Al genoma del tenrec la proteïna SelH, es molt semblant a la humana, però comença 1 aminoàcid després, i per això no comença amb metionina, i comença amb alanina. Això pot ser degut a la mala anotació del genoma de tenrec.