Sel 15: 15 kDa selenoprotein
La funció específica no és coneguda. Els nivells de Sel15 responen diferencialment a la suplementació de seleni. Els estudis en ratolins suggereixen que aquesta selenoproteïna pot tenir funció redox i pot estar involucrada en el control de qualitat del plegament de proteïnes. Aquest gen es localitza al cromosoma 1p31, un locus genètic comunment mutat o suprimit en els càncers humans.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate, del genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021989 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba en la cadena forward.
Amb l'exonerate trobem un hit amb una llargada de 52600 nucleòtids , 5 exons i 4 introns, i un valor de raw score de 744. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 162. Tenint en compte que la nostra query té 162 aminoàcids, s'ha trobat tota la proteïna.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 52599 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un bit score de 262.09. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 162. Tenint en compte que la nostra query tenia 162 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és molt similar.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
Per altra banda, utilitzant com a query la sel15 de tenrec no sl'ha pogut localitzar la proteïna. Segurament, això és degut a la mala anotació de la proteïna en el genoma del tenrec.