SecS: Selenocysteine synthase
SecS és una proteïna que catalitza la conversió de O-fosfoseril-tRNA(Sec) a selenocisteinil-tRNA(Sec). Aquesta conversió és el tercer pas en el procés de síntesi de la selenocisteïna, que no té la seva pròpia tRNA sintetasa.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat 2 per fer l'anàlisi, però un cop realitzar aquest s'ha vist que la informació era millor en el primer i per tant discutirem els resultats del primer.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021902 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 42397 nucleòtids, 11 exons i 10 introns, i un valor de raw score de 2228. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 501. Tenint en compte que la nostra query tenia 501 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 42398 nucleòtids, 11 exons i 10 introns, i un bit score de 19.96. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 501. Tenint en compte que la nostra query tenia 501 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és la mateixa. En els dos casos veiem que la proteïna és trobada en el genoma del talp.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, cosa esperable en una proteïna que no és selenoproteïna.
Per altra banda, a partir de la proteïna SecS anotada al genoma de tenrec, també obtenim la mateixa predicció. Concluim, doncs, que el talp té aquesta proteïna.