SPS
Aquesta proteïna codifica un enzim que sintetitza selenofosfat de seleniur i ATP. El selenofosfat és el donant de seleni utilitzat per sintetitzar la selenocisteïna, que és co-traduccionalment incorporat en les selenoproteïnes en els codons UGA.
Dins de la família de les selenofosfat sintetases (SPS) trobem dues subfamílies (SPS1 i SPS2). A partir d'aquí analitzem individualment cadascuna d'elles:
SPS1:
Dels diferents transcrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021447 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 25555 nucleòtids, 7 exons i 6 introns, i un valor de raw score de 1623. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 321. Tenint en compte que la nostra query tenia 321 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 25555 nucleòtids, 7 exons i 6 introns, i un bit score de 677,95. El hit trobat comença a l'aminoàcid de la query en humans fins el 321. Tenint en compte que la nostra query tenia 321 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. En els dos casos trobem que la proteïna del talp és un homòleg en cisteïna.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, el que d%oacute suport a que aquesta proteïna és un homòleg en cisteïna.
Utilitzant com a query dues SPS anotades com a none en el genoma del tenrec també hem pogut trobar aquest homòleg en cisteïna. Tot això dóna suport al fet que la SPS1 ha estat trobada i és un homòleg en cisteïna.
SPS2
En aquesta proteïna només trobem un trànscrit, que és una selenoproteïna.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021813 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 1433 nucleòtids, 1 exó i un valor de raw score de 2177. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 475. Tenint en compte que la nostra query tenia 483 aminoàcids, només li ha faltat trobar els últims aminoàcids.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 1349 nucleòtids, 1 exon i un bit score de 976.27. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 447. Tenint en compte que la nostra query tenia 483 aminoàcids, la regió del final no ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate ambdós ens troben la gran part de la proteïna, exceptuant el final i hi trobem a tots dos que la proteïna només té un exó. La proteïna d'humans conté dues selenocisteïnes. En el cas de l'exonerate les dues són trobades, mentre que amb genewise, com que la seqüència trobada acaba a la posició 447 i la selenocisteïna es troba a l'aminoàcid 449, aquesta no és trobada. De totes maneres, podem afirmar que la selenoproteïna es troba en el genoma del talp.
Amb el programa SeciSearch es 1 element SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
A més, utilitzant com a query la SPS2 anotada en el genoma del tenrec, també localitzem aquesta proteïna, però com en el genoma del tenrec no està gaire ben anotada només localitzem la part central. Tot i així ens serveix per tornar a confirmar la presència d'una selenocisteïna, i ens permet reafirmar-nos en el fet de que la SPS2 trobada és una selenoproteïna.