SECp43: tRNA Sec 1 associated protein 1
És una proteïna que regula l'expressió de selenoproteïnes.
Com només té un trànscrit en humans, no ens calgué fer un tcoffee per a seleccionar el millor.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021944 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta proteïna de la maquinària de selenoproteïnes.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 36749 nucleòtids, 9 exons i 8 introns, i un valor de raw score de 1490. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 287. Tenint en compte que la nostra query tenia 287 nucleòtids, tota la proteïna ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 36686 nucleòtids, 9 exons i 8 introns, i un valor de raw score de 591,94. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 287. Tenint en compte que la nostra query tenia 287 aminoàcids, ha trobat tota la proteïna.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. Per tant, SECp43 es troba en el genoma del talp.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, la qual cosa és esperable en una proteïna que no té cap selenocisteïna.
Per altra banda, a partir d'una de les dues proteïnes SECp43 anotades al genoma del tenrec, és trobada la mateixa proteïna al genoma del talp que a partir de la query d'humans.