SBP2: SECIS binding protein 2
La SECIS binding protein 2 (SBP2) és una proteïna de la maquinària ceŀlular. És una proteïna nuclear que uneix elements SECIS. Mutacions en aquest gen s'associen a una reducció de l'activitat d'una tiroxina deiodinasa, un enzim que conté selenocisteïna, i una metabolisme anormal de l'hormona tiroidea.
Hem seleccionat el primer trànscrit d'aquesta proteïna de la maquinària de la selenocisteïna perquè era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021786 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 76510 nucleòtids, 16 exons i 15 introns, i un valor de raw score de 2754. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 854. Tenint en compte que la nostra query tenia 854 aminoàcids, tota la seqüència ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 76510 nucleòtids, 17 exons i 16 introns, i un bit score de 1110,73. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 854. Tenint en compte que la nostra query tenia 854 aminoàcids,tota la seqüència ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és similar, a excepció del número d'exons i introns.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, cosa esperable en una proteïna que no conté cap selenocisteïna.
Per altra banda, en el genoma de tenrec, a partir d'una de les SBP2 anotada com a none és trobada la mateixa SBP2 que a partir del genoma d'humans, confirmant que el talp té aquesta proteïna. A més, a partir d'una altra SBP2 none del tenrec es troba una altra SBP2 al genoma del talp, al scaffold gi|406021987, que podria tractar-se d'una duplicació.