PSTK: Phosphoseryl-tRNA kinase
S'ha vist que la Phosphoseryl-tRNA kinase està altament conservada el que suggereix que té un paper important en la biosíntesi i/o la regulació de les selenoproteïnes.
En aquest cas només hi havia un trànscrit i per tant no hem hagut de realitzar cap t-coffee inicial, aquest trànscrit és una proteïna de la maquinària de selenoproteïnes.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021886 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba la proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 3459 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un valor de raw score de 1234. El hit trobat comença al aminoàcid 1 de la query en humans fins el aminoàcid 293. Tenint en compte que la nostra query té 348 aminoàcids, la regió del final no ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 3458 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un bit score de 516.36. El hit trobat comença al aminoàcid 1 de la query en humans fins el aminoàcid 293. Tenint en compte que la nostra query tenia 348 aminoàcids, la regió del final no ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és exactament la mateixa. Ambdós mètodes em trobat la Pstk en el talp.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap seqüència SECI. Això dòna suport a que aquesta proteïna no és una selenoproteïna.
Per altra banda, a partir de la proteïna PSTK anotada al genoma del tenrec, arribem a la mateixa conclusió: el genoma del talp conté aquesta proteïna de la maquinària del seleni.