MsrA: Methionine sulfoxide reductase A
MsrA està altament conservada. Porta a terme la reducció enzimàtica de sulfòxid de metionina a metionina. Els estudis en humans i animals han demostrat alts nivells d'expressió en el ronyó i el teixit nerviós. La funció proposada és la reparació de dany oxidatiu a les proteïnes per restaurar l'activitat biològica.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una proteïna de la maquinària, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021927 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 432947 nucleòtids , 5 exons i 4 introns, i un valor de raw score de 915. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 235. Tenint en compte que la nostra query tenia 235 aminoàcids, només ha faltat que trobés la part inicial.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 689800 nucleòtids, 6 exons i 5 introns, i un bit score de 24,71. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 235. Tenint en compte que la nostra query tenia 235 aminoàcids, hem trobat la totalitat de la proteïna.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és molt similar. En els dos casos trobem la proteïna en el talp.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS, la qual cosa és esperable en una proteïna que no conté selenocisteïnes.
Per altra banda, tot i que el tenrec té anotada la proteïna en el seu genoma, a partir d'aquesta query no trobem la proteïna al talp. Però amb els resultats obtingut anteriorment, la conclusió és continua sent que el genoma del talp conté la MsrA.