GPx: Glutathione peroxidase
Les glutatió peroxidases estan involucrades en la detoxificació del peròxid d'hidrogen, i són un dels enzims antioxidants més importants en humans.
Dins de la família de les Glutathione peroxidase trobem 8 subfamílies (GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, GPx5, GPx6, GPx7 i GPx8). A partir d'aquí analitzem individualment cadascuna d'elles:
GPx1:
Aquesta proteïna s'expressa en el citosol.
En aquest cas seleccionem el primer trànscrit de la GPx1, que és una selenoproteïna.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021745 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 823 nucleòtids, 2 exons i 1 intró, i un valor de raw score de 886. El hit trobat comença l'aminoàcid 9 de la query en humans fins al 199. Tenint en compte que la nostra query tenia 203 aminoàcids, gairebé tota la query és trobada en el genoma de Chrysochloris asiatica, tot i que falten alguns aminoàcids al principi i al final, però pocs.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 724 nucleòtids, 2 exons i 1 intró, i un bit score de 380,51. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 196. Tenint en compte que la nostra query tenia 203 aminoàcids, la regió del final no ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació no és exactament la mateixa. En el cas d'exonerate el hit trobat cobreix gairebé la totalitat de la query humana, però deixant sense cobrir alguns aminoàcids al principi i al final mentre que el genewise deixa sense cobrir la regió final de la query humana per pocs aminoàcids, però no la primera. És important destacar que la selenocisteïna es manté. A més a més, el nombre d'exons i introns predits per els dos mètodes és el mateix.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
Per altra banda, tot i que en el genoma del tenrec no està anotada la GPx1 com a tal, amb una de les GPx anotades com a none és trobada en el genoma del talp.GPx2:
El gen GPx2 codifica per a una glutatió peroxidasa, una de les dues majors responsables de la reducció de peròxid d'hidrogen depenent de glutatió a l'epiteli del tracte gastrointestinal.
En aquest cas només trobem un trànscrit d'aquesta selenoproteïna, i per aquest motiu no es fa un t-coffee inicial.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021770 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 3712 nucleòtids, 2 exons i 1 intró, i un valor de raw score de 977. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 190. Tenint en compte que la nostra query tenia 190 aminoàcids, tota la query és trobada en el genoma de Chrysochloris asiatica.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 3661 nucleòtids, 2 exons i 1 intró, i un bit score de 426,71. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 190. Tenint en compte que la nostra query tenia 190 aminoàcids, tota la query és trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és la mateixa. En els dos casos la totalitat de la proteïna és trobada. És important destacar que la selenocisteïna es manté. A més a més, el nombre d'exons i introns predits pels dos mètodes és igual.
Amb el programa SeciSearch no es prediuen cap element SECIS. Tot i això, seguim pensant que es tracta d'una selenoproteïna.
Per altra banda, amb tenrec la proteïna és trobada en el mateix scaffold.GPx3:
Aquesta proteïna és secretada al plasma.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021934 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 7131 nucleòtids, 5 exons i 4 introns, i un valor de raw score de 1021. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 226. Tenint en compte que la nostra query tenia 226 aminoàcids, tota la query és trobada en el genoma de Chrysochloris asiatica.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 6990 nucleòtids, 4 exons i 4 introns, i un bit score de 406,72. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 226. Tenint en compte que la nostra query tenia 226 aminoàcids, tota la query és trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és la mateixa. En els dos casos la totalitat de la proteïna és trobada. És important destacar que la selenocisteïna es manté. A més a més, el nombre d'exons i introns predits pels dos mètodes és igual.
Amb el programa SeciSearch es prediu una seqüència SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
Per altra banda, amb tenrec la proteïna és trobada en el mateix scaffold. Cal destacar que tot i que es trobi la query sencera, aquesta no comença per metionina degut, segurament, a una mala anotació en el genoma del tenrec.GPx4:
Aquesta és una proteïna que té una expressió elevada a l'esperma.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021582 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 1996 nucleòtids, 7 exons i 6 introns, i un valor de raw score de 960. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 196. Tenint en compte que la nostra query tenia 197 aminoàcids, es pot considerar que tota la query és trobada en el genoma de Chrysochloris asiatica.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 1893 nucleòtids, 7 exons i 6 introns, i un bit score de 337,69. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 197. Tenint en compte que la nostra query tenia 197 aminoàcids, tota la query és trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és la mateixa. En els dos casos la totalitat de la proteïna és trobada. És important destacar que la selenocisteïna es manté. A més a més, el nombre d'exons i introns predits pels dos mètodes és igual.
Amb el programa SeciSearch es prediu una seqüència SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
Per altra banda, tot i que en el genoma del tenrec no està anotada la GPx4 com a tal, amb una de les GPx anotades com a none és trobada en el genoma del talp. Com a fets a destacar, s'ha de dir que en el tenrec aquesta proteïna és un homòleg en cisteïna i que es troben 4 elements SECIS, dos dels són de grau A com els trobats amb la subseqüencia extreta amb la query humana.
GPx5:
Està expressada especialment en l'epidím, en el tracte repoductor masculí en mamífers, i és regulada per andrògens. El seu RNAm no conté selenocisteïna, i pertant és seleni-independent. S'ha proposat que té un paper en la protecció de les membranes dels espermatozoides dels efectes nocius de la peroxidació lipídica o prevenint la reacció prematura del acrosoma.
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Utilitzant com a query la proteïna humana no s'ha pogut escollir quin dels dos scaffolds més bons corresponia a aquesta proteïna (gi|406021969 o gi|406021954) però tenint en compte que amb una query de GPx none de tenrec s'ha trobat l'scaffold gi|406021969 es pensa que aquest realment ha de correspondre a una GPx. Com a la pàgina web de SelenoDB la proteïna GPx5 és un homòleg en cisteïna i la proteïna d'aquest scaffold també ho és, s'ha deduït que la GPx5 es troba en el talp, al scaffold mencionat.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 504 nucleòtids, 1 exò i un valor de raw score de 626. El hit trobat comença a l'aminoàcid 54 de la query en humans fins el 221. Tenint en compte que la nostra query tenia 221 aminoàcids, es pot considerar que tota la query és trobada en el genoma de Chrysochloris asiatica.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 441 nucleòtids, 1 exò, i un bit score de 255,45. El hit trobat comença a l'aminoàcid 54 de la query en humans fins el 221. Tenint en compte que la nostra query tenia 221 aminoàcids, tota la query és trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és pràcticament la mateixa. En els dos casos, la part inicial de la proteïna no és trobada. Pel que fa al número d'exons i introns predits pels dos mètodes és igual.
Per tant, la proteïna GPx5, homòloga en cisteïna, és trobada en el genoma al talp, però sense els aminoàcids inicials.
Per altra banda, tot i que en el genoma del tenrec no està anotada la GPx5 com a tal, amb una de les GPx anotades com a none és trobada en el genoma del talp.
GPx6:
L'expressió d'aquest gen està limitada a embrions i a l'epiteli olfactori.
Com s'ha mencionat anteriorment, no s'havia pogut escollir quin dels millors hits trobats a partir de la query humana (gi|406021969 o gi|406021954) era el corresponent a aquesta proteïna, però tenint en compte que s'ha pogut arribat a la conclusió que la proteïna GPx5 era trobada al scaffold gi|406021969 del talp, es dedueix que la proteïna GPx6 és trobada al scaffold gi|406021954 del talp.
Veiem que el hit es troba a la cadena reverse.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 534 nucleòtids, 1 exò i un valor de raw score de 299. El hit trobat comença a l'aminoàcid 38 de la query en humans fins el 221. Tenint en compte que la nostra query tenia 221 aminoàcids, es pot considerar que tota la query és trobada en el genoma de Chrysochloris asiatica.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 534 nucleòtids, 1 exò, i un bit score de 136,91. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 221. Tenint en compte que la nostra query tenia 221 aminoàcids, tota la query és trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació no és la mateixa. Utilitzant l'exonerate no es troba el principi de la proteïna, mentre que amb genewise si que es troba la part inicial però falta per trobar una part al mig. En conjunt, la part no trobada de la proteïna va de l'aminoàcid 19 al 37.És important destacar que la selenocisteïna es manté. A més a més, el nombre d'exons i introns predits pels dos mètodes és igual.
Tot i que aquesta selenoproteïna és trobada al genoma del talp, veiem que falten alguns aminoàcids per trobar. A més en el genoma del lesser heghegog aquesta proteïna no està anotada.
GPx7:
El seu RNAm no conté selenocisteïna, i pertant és seleni-independent.
En aquest cas només trobem un trànscrit d'aquesta proteïna, i per aquest motiu no es fa un t-coffee inicial.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021965 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 16375 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un valor de raw score de 908. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 187. Tenint en compte que la nostra query tenia 187 aminoàcids, es troba tota sencera.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 16374 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un bit score de 402.57. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 187. Tenint en compte que la nostra query tenia 187 aminoàcids, es troba tota sencera.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és la mateixa. En els dos casos la totalitat de la proteïna és trobada. És important destacar que aquesta proteïna no és una selenoproteïna, sinó és un homòleg en cisteïna. A més a més, el nombre d'exons i introns predits pels dos mètodes és igual.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap element SECIS.
Per altra banda, en el genoma del tenrec no està anotada la GPx7, i tampoc s'ha pogut trobar amb una de les GPx anotades com a none.GPx8:
El seu RNAm no conté selenocisteïna, i pertant és seleni-independent.
En aquest cas ens quedem amb el primer trànscrit de la proteïna.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021700 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba en direcció forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 10285 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un valor de raw score de 940. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins el 209. Tenint en compte que la nostra query tenia 209 aminoàcids, es troba tota sencera.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 10195 nucleòtids, 3 exons i 2 introns, i un bit score de 407,46. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 209. Tenint en compte que la nostra query tenia 209 aminoàcids, es troba tota sencera.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és la mateixa. En els dos casos la totalitat de la proteïna és trobada. És important destacar que aquesta proteïna no és una selenoproteïna, sinó és un homòleg en cisteïna. A més a més, el nombre d'exons i introns predits pels dos mètodes és igual.
Amb el programa SeciSearch no es prediu cap seqüència SECIS.
Per altra banda, en el genoma del tenrec no està anotada la GPx7, i tampoc s'ha pogut trobar amb una de les GPx anotades com a none.Altres:
S'ha de destacar que es troben alguns hits que no corresponen a cap de les subfamílies de les GPx humanes, però que són trobades per aquestes, situades als scaffolds del genoma de Chrysochloris asiatica gi|406021989, gi|406021868 i gi|406021872. Aquestes selenoproteïnes trobades al genoma del talp però que no es troben al genoma d'humans podrien correspondre a duplicacions de les GPx.