DI: IODOTHYRONINE DEIODINASA
La proteïna codificada per aquest gen activa la hormona tiroïdal, mitjançant la conversió de la prohormona tiroxina (T4) per una desiodació del seu anell exterior a 3,3-prime,5-triiodothironina (T3). També s'encarrega de la degradació d'aquestes dues hormones.
Dins de la família de les iodothyronine deiodinasa trobem tres subfamílies (D1, D2 i D3). A partir d'aquí analitzem individualment cadascuna d'elles:
DI1: Iodothyronine deiodinase 1
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021965 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 29922 nucleòtids , 4 exons i 3 introns, i un valor de raw score de 861. El hit trobat comença a l'aminoàcid 49 de la query en humans fins a l'aminoàcid 249. Tenint en compte que la nostra query tenia 249 aminoàcids, la regió del principi no ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 25167 nucleòtids, 5 exons i 3 introns, i un bit score de 408,34. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins a l'aminoàcid 249 excepte 8 aminoàcids en l'exó 1. Tenint en compte que la nostra query tenia 249 aminoàcids, la query estat pràcticament trobada tota.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació no és exactament la mateixa. En el cas d'exonerate el hit trobat cobreix la query humana a partir de l'aminoàcid 49, mentre que el genewise ho fa des del principi. Aquesta diferència pot ser deguda a que la nostra proteïna té un gap en el punt on comença l'exonerate. Cal destacar, que la selenocisteïna es manté.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 possible element SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
Per altra banda, amb tenrec la proteïna és trobada en el mateix scaffold, on ta,bé es pot predir un elemnt SECIS de grau A. Cal destacar que tot i que es trobi la query sencera, aquesta no comença per metionina en el genoma de tenrec i per tant tampoc en el del talp (comença amb glicina). Això és degut segurament, a una mala anotació en el genoma del tenrec.
DI2: Iodothyronine deiodinase 2
Dels diferents trànscrits que trobem en aquesta proteïna, hem seleccionat el primer trànscrit, una selenoproteïna, ja que era el més representatiu segons els criteris mencionats anteriorment.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021921 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica, on es troba aquesta selenoproteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 13785 nucleòtids , 2 exons i 1 intron, i un valor de raw score de 1007. El hit trobat comença al aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 215. Tenint en compte que la nostra query té 309 aminoàcids, no s'ha trobat la totalitat de la regió.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 13785 nucleòtids, 2 exons i 1 intron, i un bit score de 471,49. El hit trobat comença a l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 250, excepte 4 aminoàcids al segon exó. Tenint en compte que la nostra query tenia 309 aminoàcids, la regió del final no ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és semblant en els dos casos per&oagrave; l'exonerate no prediu seqüència a partir del gap que posa al genewise. Aquesta proteïna té dos selenocisteïnes en Homo Sapiens, una d'aquestes està dins del hit que hem trobat, però l'altre està situada a la regió final que no és trobada.
Aquesta diferència pot ser deguda a que la nostra proteïna té un gap en el punt on comença l'exonerate ni el genewise han trobat.
Amb el programa SeciSearch es prediu 1 element SECIS de grau A. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna.
Per altra banda, tot i que en el genoma del tenrec no està anotada la DI2 com a tal, amb una de les DI anotades com a none és trobada en el genoma del talp.
DI3:Iodothyronine deiodinase 3
Catalitza la inactivació de la hormona tiroïdal per la deiodació del anell interior de la prohormona tiroxina (T4) i la 3,3-prime,5-triiodothironina (T3). Aquest enzim és altament expressat a l'úter d'embarassades, placenta, teixits fetals i neonatals, suggerint que té un paper esencial en la regulació de la inactivació de la la hormona tiroïdal durant el desenvolupament embriològic.
Un cop obtinguts els resultats de l'exonerate i genewise i el posterior t-coffee, seleccionem l'scaffold gi|406021966 com a regió del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba aquesta proteïna.
Veiem que el hit es troba a la cadena forward.
Amb exonerate trobem un hit amb una llargada de 833 nucleòtids, 1 exó i un valor de raw score de 1362. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 278. Tenint en compte que la nostra query tenia 278 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada.
Amb genewise trobem un hit amb una llargada de 833 nucleòtids, 1 exó, i un bit score de 624.40. El hit trobat comença l'aminoàcid 1 de la query en humans fins l'aminoàcid 278. Tenint en compte que la nostra query tenia 278 aminoàcids, tota la proteïna ha estat trobada.
Si comparem els resultats de genewise i exonerate veiem que la informació és igual. A més, en el hit trobat també trobem la selenocisteïna que trobem a la nostra query. Tots els altres hits trobats no eren de gran qualitat.
Al genoma del tenrec la proteïna DI3, es molt semblant a la humana, però comença 101 aminoàcids després, és a dir, és més curta i per això no comença amb metionina, i comença amb glutamina. Això pot ser degut a la mala anotació del genoma de tenrec.
Amb el programa SeciSearch es prediuen 1 element SECIS de grau B en ambdós casos. Això dóna suport a que aquesta proteïna és una selenoproteïna en el talp.