P. chabaudi

A. anophagefferens
TR1 humà

Dels alineaments resultants de realitzar un tBlastn utilitzant TR del protista A.anophagefferens com a query i el genoma de Plasmodium chabaudipodem veure al fitxer adjunt que trobem diversos hit significatius.

El primer hit que vam analitzar va ser gi|56525189|emb|CAAJ01002935.1| al qual li corresponia un e.value de e-118. A l'hora d'observar l'alineament obtingut ens vam adonar que la selenocisteïna de la query es trobava enfrontada a una glicina. Això ens va portar a pensar que a l'alineament obtingut faltava la regió final de la proteïna on potencialment hi hauríem de trobar la selenocisteïna o la cisteïna homòloga ja que sabem que no existeixen les glicines homòlogues. Vam pensar que aquest fet podia ser degut a que el programa estigués confonent el codó TGA per un codó stop de manera que el fragment final no ens el mostrava.

D'aquesta manera, vam decidir utilitzar el servidor ExPASY el qual ens permet traduir una seqüència de cDNA en els 6 frames possibles. Per això vam haver de realitzar un nou fastasubseq on tallàvem el fragment de cDNA que contenia el nostre aminoàcid potencial. El fragment obtingut és el que introduíem al programa. Això ens va permetre veure que com havíem suposat prèviament a uns nucleòtids més enllà dels obtinguts inicialment s'hi trobava una cisteïna homòloga i una mica més enllà el codó stop.

Per determinar que realment es tractava d'una proteïna de la família TR vam procedir a l'extracció de la proteïna i a la seva introducció a una base de dades no redundant (nr database; NCBI) per tal de realitzar un BLASTp. Aquesta aplicació ens va confirmar que es tractava d'una Thioredoxin reductase homòloga en cisteïna.

D'aquesta manera vam modificar l'arxiu GFF per tal d'extreure la proteïna sencera. Això es va fer a partir de l'extensió de la seqüència en 14 nucleòtids de manera que aconseguíem que s'inclogués la cisteïna homòloga.

El següent hit que obteníem que fos significatiu era gi|209487125|gb|AAFD02000036.1| el qual tenia un valor d'e-value de 2e-37. Tot i això, si ens fixem en l'alineament obtingut veiem que en aquest cas no hi ha cap selenocisteïna ni homòleg en cisteïna.

D'aquesta manera vam procedir com en casos anteriors a l'obtenció de la proteïna. Un cop teníem la seqüència, vam analitzar-la amb una base de dades proteica no redundant, blastp, i així vam poder veure que es tractava d'una proteïna d'una altra família: Gluthatione reductasa .

Com ja hem vist anteriorment, es tracta de dues famílies molt similars i que comparteixen un alt grau d'homologia per això en aquest hit també ens dóna valors significatius.