P. berghei

A. anophagefferens
TR1 humà

Dels alineaments que resulten de realitzar un tBlastn emprant com a query el TR del protista A. anophagefferens i el genoma de Plasmodium berghei, hi ha múltiples de hits que resulten significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit analitzat és el gi|56500783|emb|CAAI01000787.1|, que presenta un E-value de e-116. Tanmateix, al resultat reportat pel BLAST, en aquest alineament la selenocisteïna de la query emprada se'ns enfrontava a una guanina.

Donat el coneixement que no existeixen els homòlegs en glicina de selenocisteïna, vam deduir que l'alineament no estava incloent la regió final de la proteïna que potencialment devia contenir la selenocisteïna o la cisteïna homòloga. Vam pensar que podia ser que el programa estigués confonent el codó TGA per un codó stop, de manera que no ens mostrava el fragment final que es trobava tot just després de la selenocisteïna o la cisteïna homòloga.

Per poder verificar aquest fet i poder conèixer la seqüència que contenia el nostre aminoàcid, vam decidir utilitzar un servidor de proteòmica anomenat ExPASY, que ens permet traduir una seqüència de cDNA en els 6 possibles frames. Vam realitzar un nou Fastasubseq tallant un fragment de cDNA que contenia el nostre aminoàcid potencial i vam introduir aquest fragment en el programa. El resultat va ser que, efectivament, uns nucleòtids més enllà es trobava una cisteïna homòloga, i més tard, un codó stop.

Per determinar que realment es tractava d'una proteïna de la família TR vam procedir a l'extracció de la proteïna i a la seva introducció a una base de dades no redundant (nr database; NCBI) per tal de realitzar un BLASTp. Aquesta aplicació ens va confirmar que es tractava d'una Thioredoxin reductase homòloga en cisteïna.

Amb l'objectiu d'extreure la proteïna completa, es va modificar l'arxiu GFF extenent la seqüència 15 nucleòtids més, per tal d'incloure tots els aminoàcids abans del codó stop, i per tant, incloent també la cisteïna homòloga.

El segon hit analitzat va ser el gi|56499724|emb|CAAI01002495.1|, que presenta un E-value de 3e-50. Tanmateix, al resultat reportat pel BLAST, en aquest alineament no hi constava ni una selenocisteïna ni tampoc una cisteïna homòloga, ja que faltava un fragment final que no s'alineava.

Amb l'objectiu de comprovar de quina proteïna es tractava, vam intentar d'extreure les regions exòniques i per tant, la seqüència codificant de la nostra proteïna potencial, mitjançant l'aplicació de l'exonerate i emprant com a query la del microorganisme A. Anophagefferens. Un cop obtinguda la seqüència d'aminoàcids, es va introduir a l'NCBI, per tal de fer un BLASTp amb una base de dades proteica no redundant (nr database). El resultat reportat per l'aplicació indicava que no es tractava d'una proteïna de la família de les Thioredoxin reductases, sinó d'una Glutathione reductase.

Com s'ha introduït anteriorment, aquestes dues famílies de proteïnes són molt semblants i comparteixen un elevat grau d'homologia. Es diferencien principalment per un domini final, que en el cas de les TR conté la selenocisteïna o la cisteïna homòloga, però que és absent en les GR.

El tercer hit comprovat és el gi|56485642|emb|CAAI01006119.1|, que va resultar que corresponia a la mateixa proteïna que l'anterior hit.