N. caninum

A. anophagefferens
TR1 humà

Els alineaments que resulten del tBLASTn de TR de A.anophagefferens i humà (queries) i el genoma d'aquest protista són molt significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El hit analitzat és el corresponent al scaffold Contig_0014478 , que presenta un E-value de 2e-22. Tanmateix, al resultat reportat pel tBLASTn, en aquest alineament no hi constava ni una selenocisteïna ni tampoc una cisteïna, ja que faltava un fragment final que no s'alineava.

Amb l'objectiu de comprovar de quina proteïna es tractava, vam intentar d'extreure les regions exòniques i per tant, la seqüència codificant de la nostra proteïna potencial, però alhora de fer l'exonerate, aquest programa ens remitia el missatge “completed exonerate analysis”, que ens indicava que no s'havia pogut extreure la seqüència proteica degut al baix nivell d'homologia existent entre la query utilitzada i la regió genòmica extreta. Per aquesta raó, i amb l'objectiu d'aconseguir aplicar l'exonerate, es va optar per la construcció d'una query híbrida, en la que els extrems 5' i 3' corresponien a la seqüència query inicial (la de A. Anophagefferens) mentre que la regió central corresponia al fragment del genoma del protista P. ramorum alineat al BLAST. Vam tornar a aplicar l'exonerate emprant aquesta query híbrida i gràcies a l'augment de l'homologia entre la regió central de la query i el genoma (eren exactament el mateix), el programa va funcionar i finalment vam ser capaços d'extreure la regió genòmica. Un cop teníem la nostra proteïna potencial vam realitzar un BLASTp en una base de dades no redundant (nr database; NCBI). El resultat obtingut indicava que no es tractava d'una proteïna de la família de les Thioredoxin reductases.