L. braziliensis

A. anophagefferens
TR1 humà

Els alineaments que resultaven del tBlastn de TR entre A.anophagefferens (query) i el genoma del protista són bastant significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit que vam analitzar va ser el corresponent a 'ref|NC_009298.1|' on tenim un valor d'E-value força significatiu (8e-63) però on al fixar-nos amb l'alineament resultant no veiem alineada la selenproteïna. El que va fer doncs va ser extreure la proteïna mitjançant els programes corresponents i posteriorment vam fer un BLASTp contra una base de dades no redundant. D'aquesta manera vam poder veure que aquest hit corresponia a una altra família d proteïnes i que per tant no es tractava d'un selenoproteïna. El que es va trobar va ser una dihydrolipoamida dehydrogenase.

Després vam fixar-nos amb el segon hit corresponent a 'ref|NC_009324.1|' al que li associem un valor d'E-value de 3e-36 i el qual tampoc es trobava alineat amb una selenocisteïna. Com en el cas anterior vam extreure la proteïna i vam fer un BLASTp contra una base de dades no redundant veient de nou que no es tractava d'una selenocisteïna. En aquest cas ens vam trobar amb una trypanothione reductase.

El fet de que trobem hits significatius però no es tracti de Sec ens indica que les proteïnes trobades presenten dominis molt conservats respecte les selenocisteïnes.

Així, vàrem concloure que no calia mirar els altres hits significatius, ja que estaven causats pel mateix fenomen.