A. anophagefferens

Com sabem, el genoma d'aquest protista és el que hem utilitzat com a query per a l'anàlisi i la cerca de possibles selenocisteïnes al genoma dels altres protistes. D'aquesta manera, per presentar els resultats d'A.anophagefferens hem utilitzat com a query el TR1 humà tot i ja conèixer l'existència d'una selenocisteïna al genoma del protista.

Els alineaments que resulten del tBlastn de TR entre A.anophagefferens (en aquest cas sent el genoma de protista a analitzar) i la query (TR1 humà) són molt significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit sobre el que vam treballar va ser el del 'scaffold_11' al que li correspon un E-value de e-132. Si ens centrem en l'alineament resultant podem veure que la selenocisteïna de la query es troba alienada amb un asterisc (codó stop) del genoma del protista. Això ens indica la possible presència d'una selenocisteïna al genoma de A. anophagefferens.

Posteriorment, vam extreure el cDNA a partir del'ús del programa exonerate i després el resultat obtingut va ser traduït a proteïna mitjançant el fastatranslate. També vam realitzar un tcoffee que ens va alinear de nou les dues seqüències comprovant novament que teníem una selenocisteïna enfrontada entre els dos genomes comparats.

Finalment, vam confirmar que es tractava d'una selenoproteïna a partir de la búsqueda de l'element SECIS a la regió 3'. Això ho vam fer mitjançant una sèrie de comandes a partir de les quals vam obtenir la seqüència corresponent a l'element SECIS a més a més de la imatge corresponent.

Un cop trobada la selenocisteïna vam seguir analitzant els altres hits que presentaven valors d'E-value significatius. El segon hit que vam estudiar va ser el corresponent al 'scaffold_8 ' amb un e-value de 9e-72. En aquest cas al fixar-nos amb l'alineament veiem que no ens trobem amb cap selenocisteïna. D'aquesta manera vam procedir a l'obtenció de la proteïna i un cop en teníem la seqüència, vam analitzar-la a través del blastp. Així vam poder veure que es tractava d'una proteïna d'una altra família: glutationa reductasa.

Obteníem igualment un hit molt significatiu ja que aquestes dues famílies tenen dominis molt conservats entre elles.