Abstract
El seleni és un element fonamental per les cèl·lules. Es troba contingut en les selenoproteïnes, les quals participen en reaccions redox a les cèl·lules. La funció més important per la viabilitat cel·lular en què participen és l'antioxidant, fet que provoca que una falta de seleni estigui relacionat amb processos cancerígens i d'envelliment cel·lular. Pel fet de tenir una funció tan important es sospita que molts organismes haurien de presentar selonoproteïnes.
Les selenoproteïnes són proteïnes que incorporen en la seva seqüència l'aminoàcid selenocisteïna (U), el qual es troba codificat pel codó UGA. El principal problema a l’hora d'intentar buscar selenoproteïnes en nous genomes resideix en la diversitat existent a nivell de seqüència entre diferents selenoproteïnes i la importància de similitud en quant a l’estructura 3D dels elements SECIS. Per a la majoria de programes de predicció de gens, intentar discernir quins codons UGA seran descodificats de forma alternativa resulta impossible ja que aquest codó apareixerà sempre com una senyal de STOP.
En aquest projecte hem recorregut a l’ús de les eines informàtiques ( TBLASTN, Exonerate, T-Coffee, Genewise) per tal de buscar quins dels genomes de protistes darrerament seqüenciats presenten selenoproteïnes de les famílies Sel1 i SelS.
