El tRNAsec té la mateixa funció que un tRNA d'un altre aminoàcid, però en aquest cas té l'anticodó d'UGA i permet la incorporació d'una selenocisteïna en la seqüència aminoacídica d'una proteïna. Les seqüències dels tRNAs varien segons siguin d'un aminoàcid o altre, el que mantenen és una determinada conformació secundaria. En un genoma generalment hi ha més d'un gen que codifiqui per un mateix tipus de tRNA.

Predicció de la tRNAsec en P. marinus

En aquest cas, per tal de saber si hi ha tRNAsec en Perkinsus es va utilitzar un programa que prediu la possible estructura secundària d' una seqüència, de manera que es van predir tots el possibles tRNAs de Perkinsus marinus i es van seleccionar aquells que tinguessin l'anticodó de UGA. Per veure els resultats clica aquí

Mitjançant el programa T_COFFEE es comparen les seqüències seleccionades amb els tRNAsec d'Homo sapiens, Drosophila melanogaster, Drosophila yakuba, Anopheles aegypti i Anopheles gambiae. Per veure l'arxiu del T_COFFEE clica aquí

Es poden descartar com a possibles tRNAsec algunes de les seqüències inicials ja que no contenen l'anticodó TCA alineat amb el de les altres espècies, però dels restants ja no se'n pot descartar cap més.

Existeixen set possibles tRNAsec en Perkinsus marinus, tots ells tenen una seqüència molt similar al tRNAsec d'espècies properes, per tant no es pot descartar cap d'ells. Aquest resultat indica que és possible l'existència de selenoproteïnes en Perkinsus marinus, ja que sense tRNAsec no es podiren formar.

torna a resultats       ↑