SLA/LP forma part de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes. Està implicada en la síntesi del tRNA de selenocisteïna a partir del seu precursor, el phosphoseril-tRNA, per això també se l'anomena Sep tRNA:SectRNA sintasa (SepSecs).

TblastN

Mitjançant el TblastN s'obté un alineament molt bo entre la proteïna humana i dos contigs diferents gi|126285565|gb|AAXJ01014751.1| i gi|126287700|gb|AAXJ01012616.1|

Com que els dos contigs s'alineen exactament amb la mateixa regió de la proteïna es comprova que són una duplicació fent un Blast2seq . Per descarregar el Blast2seq prem aquí.

Per veure l'alineament de TblastN, clica aquí.

Predicció de SLA/LP en P. marinus

A través del programa Exonerate es coneix que la proteïna té 3 exons i la seva respectiva llargada. Per veure l'arxiu Exonerate clica aquí

Utilitzant al programa Genewise s'obté la seqüència proteica de la proteïna SLA/LP en Perkinsus marinus i el cDNA.

Per veure el resultat del Genewise clica aquí

Alineament del SLA/LP predit:

T-coffee Per tal d'observar el nivell de semblança entre la proteïna predita de Perkinsus marinus i la humana, es fa un T_coffee.

Es veu que hi ha una regió de gran semblança entre ambdós proteïnes, però la humana és més llarga que la de Perkinsus, de manera que es pot suposar que a la proteïna de Perkinsus li falta un domini.

Finalment, amb la intenció de comprovar que el procés realitzat hagi estat el correcte, es fa un blastcl3 comparant la proteïna predita amb la base de dades del NCBI.

Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per SLA/LP predit es pot veure aquí

El procés realitzat ha estat el correcte ja que trobem similitud amb la SLA/LP humana.

La proteïna de maquinària de selenoproteïnes SLA/LP està conservada en Perkinsus marinus ja que s'ha trobat una proteïna amb una similitud de seqüència elevada a un fragment de la humana. Segurament el que passa és que només està conservat un dels dominis de la SLA/LP humana, aquell que té relació amb la síntesi del tRNAsec.

torna a resultats       ↑