Selenoprotein research
La funció de les selnoproteïnes SelW2 no és gaire coneguda, se sap que en mamifers SelW2, al igual que SelW1, és abundant en el múscul esquelètic, cardiac i en el SNC. S'ha vist que tenen una relació molt important, ja que una deplecció de seleni produeix la destrucció de la proteïna. En humans aquesta selenoproteïna és homòloga en cisteïna.
TblastN
En fer el TBLASTN amb el genoma de Perkinsus trobem dos alineaments força bons però amb un e-value elevat. Aquest dos hits es troben en contigs diferents tot i que alineen amb el mateix fragment del genoma, de manera que es comprova que són una duplicació fent un Blast2seq.
Per veure el Blast2seq clica aquí.
La cisteïna humana queda alineada amb una cisteïna a Perkinsus marinus en el TblastN.
Per veure l'alineament clica aquí.
Predicció de la SelW2 en P. marinus
La predicció exònica l'hem realitzat amb el programa Exonerate, i no ha donat cap resultat.
S'utilitza el Genewise per extreure la proteïna i el cDNA de Selw2 en Perkinsus.
Per veure el resultat del Genewise clica aquí
Per comprovar si el pèptid obtingut mitjançant el Genewise és un domini exclusiu de SelW, es fa un Blastcl3, el resultat del qual es pot veure aquí.
Sembla que existeix un domini de SelW2 en Perkinsus marinus, ja que s'alinea amb la proteïna humana, però aquest domini a més de no ser gaire gran, no és exclusiu de SelW2, com es veu en fer el Blastcl3. Tot i això, aquest domini existent en Perkinsus marinus conté homologia en cisteïna amb la SelW2 humana.