Secp43

Secp43 és una proteïna de la maquinària, que metila el selenocisteil-tRNASec. Aquesta proteïna no té U a la seqüència aminoacídica.

Resultats


TblastN

El TblastN obtingut de llençar la Secp43 humana contra el genoma de P. marinus ha donat el següent resultat:

Clica la imatge per veure-la gran

Hem seleccionat el contig gi|126301955|gb|AAXJ01000550.1| per seguir amb l'estudi de Secp43 ja que és el que té un millor e-value. Per veure l'alineament prem aquí.


Predicció del Secp43 en P. marinus

La predicció exònica l'hem realitzat amb el programa Exonerate, i no ha donat cap resultat.

La predicció peptídica i del cDNA l'hem realitzat amb el programa Genewise, i ha donat les següents prediccions:

Per veure el resultat del Genewise clica aquí


Alineament del Secp43 predit:

T-coffee Amb el programa T-coffee hem alineat la proteïna predita amb la proteïna de partida, en aquest cas la Secp43 d'Homo sapiens:

Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per la Secp43 predita es pot veure aquí


Pfam

De la cerca de dominis en la Secp43 de llençar la Secp humana i la predita obtenim els següents resultats:

  • Secp43 humana
  • Secp43 predita
  • Discussió

    Un cop descrits els nostres resultats dels diferents passos per la Secp43, podem concloure que la Secp43 predita conserva dos motius de reconeixament de RNA. Un d'aquests motius, no es conserva totalment.

    torna a resultats      

     

    Universitat Pompeu Fabra