Secp43
Secp43 és una proteïna de la maquinària, que metila el selenocisteil-tRNASec. Aquesta proteïna no té U a la seqüència aminoacídica.
Resultats
TblastN
El TblastN obtingut de llençar la Secp43 humana contra el genoma de P. marinus ha donat el següent resultat:
Clica la imatge per veure-la gran
Hem seleccionat el contig gi|126301955|gb|AAXJ01000550.1| per seguir amb l'estudi de Secp43 ja que és el que té un millor e-value. Per veure l'alineament prem aquí.
Predicció del Secp43 en P. marinus
La predicció exònica l'hem realitzat amb el programa Exonerate, i no ha donat cap resultat.
La predicció peptídica i del cDNA l'hem realitzat amb el programa Genewise, i ha donat les següents prediccions:
Per veure el resultat del Genewise clica aquí
Alineament del Secp43 predit:
T-coffee Amb el programa T-coffee hem alineat la proteïna predita amb la proteïna de partida, en aquest cas la Secp43 d'Homo sapiens:
Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per la Secp43 predita es pot veure aquí
Pfam
De la cerca de dominis en la Secp43 de llençar la Secp humana i la predita obtenim els següents resultats: