Selenoprotein research
La PSTK és una proteïna de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes que fosforila el seril-tRNASec i el passa a O-fosfoseril-tRNASec. Al tractar-se d'una proteïna de maquinària de síntesi, i no d'una selenoproteïna, no s'espera trobar en la seva estructura l'aminoàcid selenocisteïna. És d'esperar que el nostre organisme la contingui, ja que sí té tRNASec, i aquesta proteïna és la encarregada de fosforilar-lo.
TblastN
Es va realitzar un TblastN de la proteïna PSTK humana contra el genoma de P.marinus. El resultat obtingut és el següent:
Dels alineaments obtinguts amb el TblastN se'n seleccionen dos, de dos contigs diferents, amb e-values de 6e-9 i 4e-8 cada un. Ambdós alineaments en ambdós fragments són pràcticament iguals, per això es va procedir a comprovar mitjançant Blast2seq del NCBI si són contigs solapats o duplicats produïts al seqüenciar el genoma. En el resultat es veu que ambdós contigs coincideixen en un 97%, pel que se suposa que estan duplicats.
Després de confirmar que són el mateix contig es precedeix a analitzar l'alineament realitzat en un d'ells, i s'observa que aquest alineament no és gaire bo. Per veure l'alineament clica aquí.
Predicció de PSTK en P. marinus
Tot i que l'alineament obtingut no és molt bo, es procedeix a la predicció de la proteïna en P.marinus. Per fer això s'extreu la seqüència nucleotídica del genoma de l'organisme estudiat que alinea en el tBLASTn i s'introdueix en el programa Genewise, ja que el programa Exonerate no va funcionar per aquesta proteïna. El resultat del Genewise és una mala predicció de la proteïna en que no hi ha cap tipus d'alineament amb la seqüència humana.
Per veure el fitxer Genewise clica aquí
Alineament del PSTK predit
T-coffee Tot i que la predicció proteica i l'alineament realitzat pel Genewise van ser dolents, es va fer un T_COFFEE amb la predita contra la humana, que dóna el següent resultat.
Blastcl3 nr Per acabar es porta a terme un Blastcl3 en el que es llença la proteïna predita pel Genewise contra la base de dades de genomes de diferents organismes del NCBI sense obtenir cap resultat.
Com que amb cap de les tècniques abans explicades no es troba la proteïna PSTK en P.marinus , s'intenta buscar d'una altre manera. Es fa un tBLASTn en el NCBI amb la opció Expressed Sequence Tags amb diferents organismes (Homo sapiens, Dropsophila, Mus musculus i A.aegypti) i tampoc s'obté cap resultat.
Després d'analitzar els resultats obtinguts i no trobar la proteïna PSTK en el genoma del organisme d'estudi, però si haver trobat el tRNAsec, es podria concloure que: