Selenoprotein research
És una selenoproteïna de Emiliania huxleyi, que té homologia amb la proteïna disulfur isomerasa (PDI), on la Sec es troba en el centre acitu del domini tiorreductor (TRX). El SECIS d'aquesta selenoproteïna no està descrit.
TblastN
El TblastN obtingut de llençar la EhSEP2 contra el genoma estudiat ha donat el següent resultat:
Hem seleccionat el contig gi|126302233|gb|AAXJ01000272.1| per seguir amb l'estudi de EhSEP2 ja que és el que té un millor e-value. Per veure l'alineament prem aquí.
Predicció de EhSEP2 en P. marinus
La predicció exònica l'hem realitzat amb el programa Exonerate, i no ha donat cap resultat.
La predicció peptídica i del cDNA l'hem obtingut amb el programa Genewise, i ens ha donat les següents prediccions:
Com podem veure es tracta d'un homòleg amb cisteïna.
Per veure els resultats clica aquí.
Alineament de EhSEP2 predit
T-coffee Amb el programa T-coffee hem alineat la proteïna predita amb la de partida, en aquest cas l'EhSEP2 d'Emiliania huxleyi:
Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per l'EhSEP2 predit dóna els següents resultats: aquí.
Cerca d'elements SECIS
El resultat obtingut en la pàgina del SECIsearch ens dóna un score de 0, indicant que no és una bona aproximació. Aquest fet no el trobem extrany, ja que l'EhSEP2 predita és un homòleg amb cisteïna, i que el grup que descriu la EhSEP2, tampoc ha trobat cap element SECIS.
Un cop descrits els nostres resultats dels diferents passos per EhSEP2 podem concloure que l'EhSEP2 predita es correspon a aquesta proteïna d'Emiliania huxleyi ja que en l'alineament amb el T-coffee té un bon score, i el Blastcl3 té un bon e-value quan s'alinea amb altres EhSEP2. Com es veu en l'alineament obtingut a parti del Genewise, la EhSEP2 predita és un homòleg amb cisteïna de la EhSEP2 de Emiliania huxleyi.